Об опыте работы телепатом
Очередной абсолютно ненаучный блогопост, но все же.
Если вдуматься, я могу себе в резюме записать уже год работы телепатом. 😊 Нет, на самом деле мой стаж в телепатии куда больше, любой обитатель лаборатории так или иначе работает в этой области («нам доктор сказал сдать анализы на всё, и вот мы к вам пришли, что же нам сдать?»), да и квест «разбери 50 неподписанных пробирок с кровью и определи где чьи» никто не отменял, но в этом случае область применения была несколько иной. Всем нам известно слово телемедицина, означающее работу медицинского специалиста (любого) по удаленке, и если конкретизировать до нашей специальности, и выходит telepathology, или для краткости telepath 😉
Для тех, кто не в курсе последних трендов, это не то же самое, что гадание по фоткам гистологии на фейсбуке (ставить диагноз по фото гисты есть грех!), хотя принцип аналогичен. Только вот используются для этого специальные сканирующие микроскопы, выдающие итоговый результат в виде огромного файла, который при помощи хитрых алгоритмов удается ужать в зависимости от размера исходного скана в объем от 500МБ до 5ГБ (в среднем).
Вопрос этот задавался мне неоднократно, поэтому отвечу на него сразу еще и здесь - нет, делать такое же с ЦИТОлогией на сегодняшний день очень непрактично. Во-первых, цитология нередко работает на бОльших увеличениях (я в целом могла бы, конечно, обходиться без объектива-сотки в рутинной работе, но с ней все же лучше), чем это целесообразно для сканера, ведь чем выше разрешение сканирования, тем тяжелее итоговый файл, а его потом еще бедному компу обрабатывать. Во-вторых, материал в цитологии, в отличие от гистологии, где срез лежит в четко определенном месте, обычно распределен на очень большой площади. Если сканировать ее полностью, это опять же означает большие временные затраты и большой размер итогового файла. Так что нет, цитологию я так смотреть пока не планирую. С развитием технологий, конечно, все может поменяться.
Итоговая схема выглядит так - материал проводится, нарезается и обрабатывается в Москве, выкидывается в облако, я из своей уютной норки либо в Екатеринбурге, либо в его ближайших окрестностях (да, я могу в принципе жить и работать на своей даче, и это мечта, которая может скоро осуществиться!), а то и из поездки (вообще ни разу не мечта, как показала практика) скачивать, смотреть и описывать препараты не вылезая из-за компа. За время работы по этой схеме у меня накопилось несколько жизненных моментов, которыми я бы хотела поделиться, не деля их на плюсы и минусы.
Группа первая, технические моменты собственно по препаратам.
· Качество гистосреза и так по жизни наше все, но сканированные препараты усиливают эту требовательность в разы. Это что касается момента «вообще».
· В частности, категорически важна идеальная техника заключения под предметное стекло, потому что если срез лег неровно, часть препарата не попадает в плоскость скана, и если за «живым» микроскопом можно легко подкрутить микровинт и вывести в фокус нужное, то на скане такая штука не катит. Да, я в курсе, что есть сканеры, меняющие угол фокусировки в каждом шаге, и это позволяет скомпенсировать часть косяков. Но все равно не все. И можете быть уверены, та самая интересная часть препарата всегда окажется вне плоскости скана. 😉
· Возможности поиграть с микровинтом вообще часто недостает. В подавляющем большинстве случаев это некритично для итоговой оценки препарата, но вот, к примеру, вирусные включения бывает визуализировать сложно без возможности посмотреть, как оно ведет себя при смене плоскости просмотра. Тем не менее, это максимум пара слайдов на тысячу, так что для рутинной работы жить можно.
· Для тех, кто еще не до конца осознал этот факт из «реальной жизни», цифровые стекла готовы еще раз напомнить: базофильность и эозинофильность некоторых структур вещь крайне относительная. Но если в жизни это определяется в основном рН рабочих растворов и немного осветителем в микроскопе, то на цифровом слайде баланс цвета можно извратить буквально в один клик. В некоторых случаях это очень удобно, в других заставляет мозг немного покипеть. Требует некоторой привычки.
· В связи с вот этой лабильностью цвета и также отсутствием возможности поиграть с фокусом или поставить увеличение больше имеющегося я долгое время имела проблемы с дифференцировкой эозинофилов от нейтрофилов у кошек.
· Нет возможности сбацать поляризацию, думаю, очевидно, почему. Опять же, крайне редко это бывает необходимо, но иногда бывает.
· Много вопросов получаю в целом про вырабатывание привычки обрабатывать информацию в таком виде. Да, поначалу извилины скрипят, но примерно за пару рабочих дней я перестроилась, и теперь воспринимаю слайд с компа абсолютно комфортно. Это наверно как пересесть с механики на автомат (ни разу не рулила машину с автоматом, но я так себе это представляю 😊), все зависит от пластичности мозга, а пластичность мозга вообще надо тренировать.
· Скорее всего это чисто мои проблемы восприятия, но мне всегда легче считать митозы в микроскопе, чем на компе. Даже спустя год. Возможно, требуется больше времени. По поводу подсчета количества митозов разговор отдельный и будет он далее.
Группа вторая, про компы и за жизнь 😉
· Я не могу сказать за все системы визуализации, их на сегодняшний день немало. У меня есть опыт только с программой Aperio ImageScope и только с расширением .svs. Аперио прога сама по себе очень недурно оптимизированная, хорошо тянется даже на не очень сильных компах. К примеру, она не лагала на моем старом ноутбуке сама по себе. Однако лагало все остальное, включая ворд, в котором я писала заключения, поэтому под конец нашей с ним совместной жизни работа превращалась в пытку. Каждый раз при установке Аперио на свои домашние и рабочие компы (на них всех стоит винда, от 7 до 10), АБСОЛЮТНО КАЖДЫЙ, у меня вылетала ошибка про библиотеку basedll. Лечится в подавляющем большинстве случаев путем восстановления кэшированных библиотек, вот той самой sfc scannow, либо установкой обновлений винды. При наличии пароля от админки и умения найти командную строку проблема несложная. После решения этих проблем прога пашет без нареканий. Единственное, у меня иногда возникает такой баг: после поворачивания изображения и применения на повернутой картинке чего-нибудь еще (смена увеличения, проставление замеров, стрелочек или маркеров) Imagescope нередко вылетает. Я пока не разобралась, в чем там косяк, но наверно рано или поздно найду. 😊 Этот баг не особенно мешает работе, поскольку я привыкла работать на препаратах, повернутых вообще как угодно, но для фотографий для инстаграмма или презентаций неудобно бывает.
· Ах да, есть еще косяки с функцией snapshot, но я ею сейчас вообще не пользуюсь, ибо тупо скриншот экрана дает куда большее разрешение, да и сделать его быстрее.
· Комп делает работу на скане удобной, но не намного превосходит микроскоп, хотя делать работу сидя в кресле, наверное, все же приятнее, чем вытянувшись в струнку за микросом. Имхо, вся прелесть работы раскрывается при помощи ноутбука. Работать можно сидя, стоя, лежа (с учетом требовательности моей спины последнее особенно радует), работать можно на даче, в аэропорту, в автобусе, самолете…
· В связи с этим о слове отдых можно забыть. Даже в Испании возле ласково урчащего моря мои интересы ограничивались вопросом, где найти темное помещение с розеткой и вайфаем. Вайфай в гостинице в Европе вообще вещь относительная, он вроде и есть, но его как будто нет. Кто пробовал, тот знает 😉
· Монитор. Точно так же, как на гистослайд можно посмотреть и при помощи микроскопа для школьников, купленного за пять рублей, так и на гистоскан можно посмотреть на маленьком тусклом TN+film мониторе нетбука и даже что-то увидеть. Но для больших объемов работы чем комфортнее оператору, тем выше КПД, поэтому я бы все же не поскупилась при прочих равных на матрицу IPS. Для стационарного компа можно рассмотреть еще вариант OLEDа, но, говорят, на нем глаза быстро устают. Не знаю, не пробовала. Преимущества IPS при очень достойной цветопередаче - прежде всего прекрасные углы обзора, это очень важно при работе на сканах на большом мониторе, поскольку на TN или даже VA постоянно есть вариация даже в пределах одного и того же поля зрения, что очень усложняет интерпретацию. Что касаемо размера - тут хозяин барин, конечно, но мне лично удобнее всего работать на диагонали 16-22’. Больше не пробовала, меньше - неудобно точно.
· Следует понимать, что даже при очень хорошей оптимизации прога все равно занимается тем, что обрабатывает ОЧЕНЬ большие графические изображения. Поэтому на калькуляторе просматривать сканы я не рекомендую. Предыдущий ноут у меня был из категории «средний пользовательский». В нем было 2 камня intel core i5-2800 (вроде.. модель не помню точно), оперативы 4 гига, видяха Intel HD Graphics 4000 (если вы ничего об этой карте не слышали, то уж я тем более). В более понятных характеристиках: скайрим он неплохо тянул на высоких настройках, но вот более современные игрули только уже на сниженном просто в ноль графоне и то не всегда. Сам ImageScope на нем работал не слишком медленно и вылетал не чаще, чем сейчас на новом, но нельзя же работать только в одной программе, нужен еще и ворд, нужен еще и музон, и вот от этого всего в сумме, с наложением еще вдобавок тормозов от очень несвежей винды работа превращалась в испытание терпения (я планировала поставить на это семерку, но так и не успела. И да, я очень терпеливый человек). Но должна подчеркнуть, что этот ноут и не планировался для работы на сканах, я тогда еще и подумать не могла, что мне это предстоит, и покупался году этак в 2012-14 с целью чисто потаскать с собой книжки в PDF на работу, ну и офис для презентаций, все дела.
· Вообще если есть необходимость работать на сканах, а также осознание того, что производительность компа будет положительно или отрицательно влиять на вашу собственную производительность, скупиться на рабочую машинку не стоит. Мой нынешний зверь, конечно, избыточно силен для одной только работы на сканах (камни i5-8300Н, видяха GeForce 1050H, оперативы пока 8 гиг, но можно надстроить хоть до 32 хотя куда), но мы же понимаем, что это личный комп, и не только работой единой жив человек, когда еще Ведьмак 3 и Assassins Creed Origins купленные в стиме лежат… Кхм, да, о чем это я. Так вот, несмотря на то, что обычный офисный ноут вполне переживет ImageScope, чем мощнее мозги и видеокарта, тем быстрее будет обрабатываться изображение на большом мониторе.
В общем и целом не могу не признать: я еще пару лет назад не ожидала, что мне когда-либо доведется иметь дело с WSI, однако вон же оно, будущее, наступило куда быстрее, чем думалось. Из явных минусов - затраты денег и времени на сканирование (и сам сканер), хотя не такие большие, как может показаться, из плюсов - возможность подключать специалистов по сути со всего земного шара, не только даже России, а также для самих специалистов - прекрасная возможность обучаться и устраивать коллегиальный просмотр, например через видеоконференцию. Ну и работа с кошкой на коленях, само собой. А еще я благодаря возрастанию нагрузки обнаружила, что у моей выносливости есть пределы, но это совсем другая история. Да и текст про митозы придется сделать отдельным постом.