У места впадения реки Нерль в Клязьму, в 1165 году Андрей Боголюбский заложил храм в честь победы на Волжской Булгарией и в память о своем сыне Изяславе. Церковь поставили на водном пути во Владимир с востока, и она являлась частью архитектурного ансамбля княжеской резиденции. Церковь построили на пойменном лугу при впадении Нерли в Клязьму. Она стоит на искусственном холме, который был насыпан специально, чтобы во время весеннего половодья уберечь храм от сырости.
Храм был посвящен новому на Руси празднику - Покрова Богородицы.
Конструктивно храм Покрова-на-Нерли чрезвычайно прост - это обычный для древнерусского зодчества одноглавый крестовокупольный четырехстолпный храм. С помощью удачно выбранных пропорций, форм и деталей зодчие добились удивительного преодоления тяжести камня. Сказочная легкость форм храма Покрова на Нерли создает впечатление невесомости, устремленности ввысь. Стены храма украшает традиционная для владимиро-суздальского зодчества белокаменная резьба. На всех трех фасадах повторяется одна и та же композиция: царь Давид-псалмопевец, сидящий на троне. По обеим сторонам от него симметрично расположены два голубя, а под ними - фигуры львов. Еще ниже - три женских маски с волосами, заплетенными в косы. Такие же маски помещены и на боковых частях фасада - храм как бы опоясывается ими. Эти маски символизируют Богородицу и присутствуют на всех владимирских храмах той эпохи.
Но 800 лет назад церковь выглядела совсем иначе. При Андрее Боголюбском с трех сторон церковь окружала ажурная белокаменная галерея с майоликовыми полами, где располагалось гульбище. В юго-западном углу галереи находилась лестница, ведущая на хоры. Галерея опиралась на резные белокаменные столбы, а ее парапет украшали многочисленные резные камни, изображавшие грифонов и других мифических животных. Среди них выделялись изображения поднявшихся в прыжке барсов - эмблема владимирской княжеской династии.