Геномы Русской равнины
Вдогонку к предыдущему посту приведу свою выжимку из статьи [https://vestnik.rsmu.press/archive/2022/2/8/content?lang=ru].
Моделирование предковых компонент для рассматриваемого круга 47 популяций проведено для 13 уровней k, полученных при последовательном переборе значений k от 2 до 14, из которых наиболее информативными оказались две модели: при k = 3 и k = 7.
При k = 3 видны три предковых компоненты, которые условно можно назвать «западная», «уральская» и «восточная».
«Западная» (русская) предковая компонента преобладает не только во всех русских популяциях (95%), но и в финноязычных популяциях карел (75%) и мордвы (78%) , и составляет существенную часть генофондов тюркоязычных народов: у казанских татар более половины генофонда (52%) и около четверти генофонда ногайцев (25%) и чувашей (23%).
«Уральская» (удмуртская) предковая компонента составляет практически весь генофонд удмуртов (99%) и марийцев (91%). Но высоких значений она достигает также и у тюркоязычных народов, составляя две трети генофонда чувашей (67%) и треть генофонда татар (34%). Меньший, но ощутимый вклад «уральской» предковой компоненты виден у карел (24%) и мордвы (19%). Средний вклад в русские популяции мал (4%) с максимумами в Костромской и Нижегородской областях.
«Восточная» ( «калмыцкая» ≈ монгольская) предковая компонента составляет весь генофонд всех шести родовых групп калмыков, поэтому ее можно использовать для оценки влияния Центральной Азии на европейский генофонд. Значительной величины она достигает и у ногайцев (62%), что подтверждает ее оценку как «центральноазиатской». В Поволжье наибольшее центральноазиатское влияние обнаружено у казанских татар (14%) и чувашей (9%). В остальных популяциях роль «восточной» компоненты мала и не превышает 5% (у марийцев). Средний вклад в русские популяции составляет всего 1%; он слабо возрастает в восточных районах Нижегородской и Рязанской областей до 3% генофонда.
При k = 7 появляются новые четыре компоненты, которые органично вбирают в себя части «западной» и «уральской» компонент, выявленных при k = 3. Лишь для лаконичности описания каждой предковой компоненте дано условное название по тем популяциям, в геномах которых выявлен их наибольший вклад.
«Карельская» предковая компонента составляет 94% генофонда карел и редка в остальных популяциях. Ее вклад максимален в генофонде казанских татар (13%) и костромских русских (11%).
«Славянская» предковая компонента доминирует во всех русских популяциях (в среднем 81%, варьируя от 70 до 87%)). В других генофондах практически отсутствует, кроме казанских татар (6%).
«Мордовская-1» предковая компонента делит с «мордовской-2» второе место по обширности ареала. Достигая максимума (53%) среди геномов Мордовии, она широко распространена и в других популяциях. Ее наибольший вклад характерен для тюркоязычных популяций: 36% в генофонд казанских татар, 35% - астраханских ногайцев, 20% - чувашей. Важно, что значительный вклад «мордовской-1» компоненты обнаружен практически во всех индивидуальных геномах этих народов, что указывает на важность этого генетического пласта в генофонде тюркоязычных народов Поволжья.
В русских популяциях вклад «мордовской-1» предковой компоненты невелик (7%), но она обнаружена в 60% рассмотренных геномах русских. Максимален вклад в Тверской (19%) и Калужской (16%) областях, причем она обнаружена практически у всех индивидов этих областей (80-90% геномов), а в остальных областях присутствует в 45-65% геномов. В целом, «мордовская-1» компонента составляет постоянную часть генофонда практически всех славяноязычных, тюркоязычных и финноязычных популяций региона.
«Мордовская-2» предковая компонента нигде не превышает 5%, лишь у казанских татар 6%, ее содержат 90% индивидуальных геномов татар (у чувашей она обнаружена лишь в 40% геномов).
В русских популяциях «мордовская-2» предковая компонента довольно редка в среднем 3%.
«Марийская» предковая компонента впервые проявляется на уровне пяти предковых компонент (k = 5) и составляет не только весь генофонд луговых марийцев (96%), но и две трети генофонда чувашей (62%), причем во всех популяциях (57-65%). Из других народов самый значительный вклад «марийской» компоненты вновь у казанских татар (15%), причем она обнаружена во всех индивидуальных геномах. В популяциях других народов вклад «марийской» компоненты нигде не превышает 4%.
«Удмуртская» предковая компонента появляется уже при k = 3 (описана выше как «уральская») и на всех более высоких уровнях составляет 100% генофонда удмуртов. В геномах всех других народов она крайне редка, не превышая 4% генофонда. Исключением вновь оказываются казанские татары, у которых частота «удмуртской» компоненты повышается до 10% и присутствует практически во всех индивидуальных геномах татар с максимальным вкладом 21%.
«Калмыцкая» (описана выше как «восточная») компонента, фиксирующая «дыхание» Центральной Азии, проявляется уже при k = 2 и ее вклад велик лишь в генофонды калмыков (100%) и ногайцев (61%). Из других народов мы вновь видим наибольший ее вклад лишь у казанских татар (12%), причем «калмыцкая» компонента встречена во всех индивидуальных геномах татар с вкладом от 7 до 17%. Во всех других популяциях вклад «калмыцкой» компоненты не превышает 5%, у русских - не выше 1%.
Моделирование предковых компонент для рассматриваемого круга 47 популяций проведено для 13 уровней k, полученных при последовательном переборе значений k от 2 до 14, из которых наиболее информативными оказались две модели: при k = 3 и k = 7.
При k = 3 видны три предковых компоненты, которые условно можно назвать «западная», «уральская» и «восточная».
«Западная» (русская) предковая компонента преобладает не только во всех русских популяциях (95%), но и в финноязычных популяциях карел (75%) и мордвы (78%) , и составляет существенную часть генофондов тюркоязычных народов: у казанских татар более половины генофонда (52%) и около четверти генофонда ногайцев (25%) и чувашей (23%).
«Уральская» (удмуртская) предковая компонента составляет практически весь генофонд удмуртов (99%) и марийцев (91%). Но высоких значений она достигает также и у тюркоязычных народов, составляя две трети генофонда чувашей (67%) и треть генофонда татар (34%). Меньший, но ощутимый вклад «уральской» предковой компоненты виден у карел (24%) и мордвы (19%). Средний вклад в русские популяции мал (4%) с максимумами в Костромской и Нижегородской областях.
«Восточная» ( «калмыцкая» ≈ монгольская) предковая компонента составляет весь генофонд всех шести родовых групп калмыков, поэтому ее можно использовать для оценки влияния Центральной Азии на европейский генофонд. Значительной величины она достигает и у ногайцев (62%), что подтверждает ее оценку как «центральноазиатской». В Поволжье наибольшее центральноазиатское влияние обнаружено у казанских татар (14%) и чувашей (9%). В остальных популяциях роль «восточной» компоненты мала и не превышает 5% (у марийцев). Средний вклад в русские популяции составляет всего 1%; он слабо возрастает в восточных районах Нижегородской и Рязанской областей до 3% генофонда.
При k = 7 появляются новые четыре компоненты, которые органично вбирают в себя части «западной» и «уральской» компонент, выявленных при k = 3. Лишь для лаконичности описания каждой предковой компоненте дано условное название по тем популяциям, в геномах которых выявлен их наибольший вклад.
«Карельская» предковая компонента составляет 94% генофонда карел и редка в остальных популяциях. Ее вклад максимален в генофонде казанских татар (13%) и костромских русских (11%).
«Славянская» предковая компонента доминирует во всех русских популяциях (в среднем 81%, варьируя от 70 до 87%)). В других генофондах практически отсутствует, кроме казанских татар (6%).
«Мордовская-1» предковая компонента делит с «мордовской-2» второе место по обширности ареала. Достигая максимума (53%) среди геномов Мордовии, она широко распространена и в других популяциях. Ее наибольший вклад характерен для тюркоязычных популяций: 36% в генофонд казанских татар, 35% - астраханских ногайцев, 20% - чувашей. Важно, что значительный вклад «мордовской-1» компоненты обнаружен практически во всех индивидуальных геномах этих народов, что указывает на важность этого генетического пласта в генофонде тюркоязычных народов Поволжья.
В русских популяциях вклад «мордовской-1» предковой компоненты невелик (7%), но она обнаружена в 60% рассмотренных геномах русских. Максимален вклад в Тверской (19%) и Калужской (16%) областях, причем она обнаружена практически у всех индивидов этих областей (80-90% геномов), а в остальных областях присутствует в 45-65% геномов. В целом, «мордовская-1» компонента составляет постоянную часть генофонда практически всех славяноязычных, тюркоязычных и финноязычных популяций региона.
«Мордовская-2» предковая компонента нигде не превышает 5%, лишь у казанских татар 6%, ее содержат 90% индивидуальных геномов татар (у чувашей она обнаружена лишь в 40% геномов).
В русских популяциях «мордовская-2» предковая компонента довольно редка в среднем 3%.
«Марийская» предковая компонента впервые проявляется на уровне пяти предковых компонент (k = 5) и составляет не только весь генофонд луговых марийцев (96%), но и две трети генофонда чувашей (62%), причем во всех популяциях (57-65%). Из других народов самый значительный вклад «марийской» компоненты вновь у казанских татар (15%), причем она обнаружена во всех индивидуальных геномах. В популяциях других народов вклад «марийской» компоненты нигде не превышает 4%.
«Удмуртская» предковая компонента появляется уже при k = 3 (описана выше как «уральская») и на всех более высоких уровнях составляет 100% генофонда удмуртов. В геномах всех других народов она крайне редка, не превышая 4% генофонда. Исключением вновь оказываются казанские татары, у которых частота «удмуртской» компоненты повышается до 10% и присутствует практически во всех индивидуальных геномах татар с максимальным вкладом 21%.
«Калмыцкая» (описана выше как «восточная») компонента, фиксирующая «дыхание» Центральной Азии, проявляется уже при k = 2 и ее вклад велик лишь в генофонды калмыков (100%) и ногайцев (61%). Из других народов мы вновь видим наибольший ее вклад лишь у казанских татар (12%), причем «калмыцкая» компонента встречена во всех индивидуальных геномах татар с вкладом от 7 до 17%. Во всех других популяциях вклад «калмыцкой» компоненты не превышает 5%, у русских - не выше 1%.