"Я его слепила из того, что было"
Сейчас в сети появилось много постов на тему того, что SARS-CoV-2 не был выделен. У вирусологов ОТ-ПЦР на праймерах от старых версий коронавируса с последующим секвенированием ампликона считается выделением. При подобном подходе должна быть нулевая итерация, то есть когда-то на заре корона-вирусологии вирусологи должны были очистить коронавирусные ( Read more... )
Нельзя сказать, что если оно в бласте отнесено только к коронавирусам, то это коронавирус.
Будучи однажды объявлено коронавирусом оно и все гомологичное потом будет считаться только коронавирусом, а гомологии в базах в тех случаях, когда короны явно быть не должно, будут считаться результатом загрязнения и скорее всего вычищаться.
Так однажды уже было с ВИЧ. Биоинформатик Ромеро нашел в базах много гомологий к ВИЧ (там и 5Кб было), опубликовал статью, мол базы загрязнены. Самые длинные я потом не смог в базах найти.
Для способа секвенирования, описанного в статье, нужен полноценный контроль, коим бласт не является.
Все то же, но без вируса: в яйца добавить супернатант культуры без вируса, антибиотики и т.п. И пройти весь путь со всеми остановками.
как секвенировали остальных, т.е. де-ново, разумеется, и что именно использовали в кач-ве праймеров, какие именнопоследовательности чего и почему брали их.
Насколько я понимаю, праймеры конструируются исходя из представленного в данной статье генома.
Следующую версию выделили генетическими методами на праймерах от этой. Отсеквенировали. Сконструировали следующие праймеры, типа более специфичные.
И так далее.
Например, если копнуть в середине эпохи коронавирусов https://journals.sagepub.com/doi/full/10.1177/15353702-0322807-13.
Ну и недавние "выделения" MERS, SARS, SARS-CoV-2 проходили на праймерах предыдущих версий.
Итерационный подход.
Reply
Но это не суть.
Суть в праймерах, которые инициируют амплификацию (чего?) - т.е. самые первые тогда, самых первых версий - на основе чего их синтезировали - должна быть статья в конце концов, «исходя из представленного в данной статье генома» - этого мало. Это же совершенно конкретные последовательности, синтезированные из каких-то конкретных данных о, в частности, данном вирусе.
Если это другие последовательности, то и умножат они другое.
А бласт по NCBI.blast даёт только количество статей, где были заявлены те же последовательности.
Reply
Понятия не имею, чего они амплифицируют.
Уже приводил пример с ВИЧ. Вот нашли фрагмент в бактерии https://www.dropbox.com/s/jmverzdxjl7lqkr/BrucellaM111_HIV.pdf, размером в 5,8 Кб идентичный ВИЧ при длине генома ВИЧ в 9,5 Кб. Бактерия явно не ВИЧ, поэтому секвенс объявили загрязнением и выкинули из баз.
Вот еще один товарищ выявил секвенсы ВИЧ в бактериях https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3524724/. Ну оно не базах до сих пор.
Можно спекулировать, что секвенс короны есть артефакт процедуры секвенирования, собранный из каких-то бактериальных и клеточных фрагментов (кто-то делал полный транскриптом куриных эмбионов?), которые могут иногда встречаться в образцах людей. И которые по причине того, что они как бы "вирусные" отсутствуют в базах в другом качестве.
Дизайн вот этого эксперимента (ну и предыдущих с выяснением массы) не доказывает, что данная спекуляция неверна.
Reply
Leave a comment