Гены можно представить как единицы популяции. У каждого свои функции, периодически одни члены команды выбывают, другие приходят. Самая слаженная команда больше всех реплицируется - вот и эволюция генов.
Вы спрашивали, как быть с прокариотами? У них есть
любопытные способы горизонтального переноса генов. Стрептококки используют ножку бактериофага, развёрнутую в обратную сторону.
С её помощью они убивают соседние клетки (в том числе себе подобные) и случайным образом встраивают фрагменты ДНК жертвы в свой геном. Зачем ждать мутаций? Устроим их сами.
То есть гены обзавелись орудиями "ротации кадров", правда вслепую. Чем не доказательство их способности к самостоятельной эволюции?
Увы, от популяции организмов как элементарной единицы эволюции всё равно никуда не деться.
Если бы бактерия с данным геномом существовала в единственном экземпляре, ей было бы невыгодно хватать вслепую гены. Слишком мал шанс, что выйдет что-то удачное.
Но поскольку прокариоты реплицируют миллионы идентичных организмов (99% которых по любому скоро умрут) - почему бы не сыграть в генную русскую рулетку? Авось повезёт.
Но миллион бактерий - это популяция, как ни крути.
Круг замкнулся.