Коронавирус в 2019м
К тому, что в декабре 2019го коронавирус был не только в Ухани (и Китае).
Известно, что мониторинг содержания вируса в сточных водах довольно точно отражает динамику эпидемии ковида, и по количеству вируса в отходах можно предсказать наплыв очередной ковидной волны. Потому что вируса выделяется человеком, заболевшим ковидом, достаточно много -1.9×106 (2.3×105-2.0×108 95% credible interval) на 1 мл (или примерно грамм) фекальной массы. Причем начинается выделение вируса "снизу" -до симптомов и продолжается после выздоровления.
Для того, чтобы вирус можно было "словить" в сточных водах, заболеваемость должна составлять примерно 250 человек на 10 тыс населения. Или, по другим данным, если титр вируса в образце сточных вод 150 тыс копий на литр- это соовтетствует примерно 5.5 тыс больных ковидом.
For instance, a viral load of Y = 150,000 copies per liter would lead to an estimated number of X = 5,543 active cases
То есть, не 1 случай болезни нужен для того, чтоб в образце сточных вод отловили коронавирусную РНК.
И вот исследования замороженных (и свежих) образцов с водоочистных сооружений в Барселоне, Испания, показали, что первый случай ковида в 2020 году случился минимум на 41 день раньше, чем "импортированный"- 15 января, еще до того, как "объявили" пандемию (ВОЗ назвала происходящее пандемией 11 марта 2020го года). Тк образцы были не ежедневные, а взятые для зморозки раз в несколько недель, то, вероятнее всего, первые случаи начались ранее.
Кроме того, другой удивительной находкой этого исследования было то, что коронавирус нашли в замороженных образцах сточных вод, отобранных в период 2018-2019 годов, до эпидемии. А именно, в образцах марта 2019го.
Unexpectedly, analysis of archival samples revealed the increasing occurrence of SARS-CoV-2 genomes in samples from January 15 to March 4, 2020 (Figure 1, panelsDand E). Of note, SARS-CoV-2 was detected in sewage 41 days (January 15) before the declaration of the first COVID-19 case (February 25), clearly evidencing the validity of wastewater surveillance to anticipate cases in the population. This SARS-CoV-2 early detection in sewage supports the idea that COVID-19 cases may have been present in the population beforethe first imported case was reported. COVID-19 carriers may have been misclassified as influenza diagnoses in primary care, boosting community transmission before public health measures were taken(11).Additionally, there is a significant proportion of asymptomatic carriers that shed SARS-CoV-2 and contribute to the virus spread (12). Most COVID-19 cases show mild influenza-like symptoms (14)and it has been suggested that some uncharacterized influenza cases may have masked COVID-19 cases in the 2019-2020 season (11). This possibility prompted us to analyze some archival WWTP samples from January 2018 to December 2019 (Figure 2). All samples came out to be negative for the presence of SARS-CoV-2 genomes with the exception of March 12, 2019, in which both IP2 and IP4 target assays were positive. This striking finding indicates circulation of the virus in Barcelona long before the report of any COVID-19 case worldwide. Barcelona is a business and commerce hub, as well as a popular venue for massive events, gathering visitors from many parts of the world. It is nevertheless likely that similar situations may have occurred in several other parts ofthe world, with circulation of unnoticed COVID-19 cases in the community.
Кроме того, есть данные и по Италии- где в образцах декабря 2019 года тоже обнаружили коронавирус. В Милане и Турине- 18 декабря 2019 года, в Болонье- 29 января 2020 года. Все это- до того, как в стране были найдены и первые "официальные" случаи ковида, и до того, как считается, началась эпидемия.
We investigated the possibility that SARS-CoV-2 emerged in Italy earlier than that date, by analysing 40 composite influent wastewater samples collected - in the framework of other wastewater-based epidemiology projects - between October 2019 and February 2020 from five wastewater treatment plants (WTPs) in three cities and regions in northern Italy (Milan/Lombardy, Turin/Piedmont and Bologna/Emilia Romagna). Twenty-four additional samples collected in the same WTPs between September 2018 and June 2019 were included as blank samples. Viral concentration was performed according to the standard World Health Organization procedure for poliovirus sewage surveillance. Molecular analysis was undertaken with both nested RT-PCR and real-rime RT-PCR assays. A total of 15 positive samples were confirmed by both methods. Of these, 8 were collected before the first autochthonous Italian case. The earliest dates back to 18 December 2019 in Milan and Turin and 29 January 2020 in Bologna. Samples collected in January and February in the three cities were also positive.
Our results demonstrate that SARS-CoV-2 was already circulating in northern Italy at the end of 2019. Moreover, it was circulating in different geographic regions simultaneously, which changes our previous understanding of the geographical circulation of the virus in Italy. Our study highlights once again the importance of environmental surveillance as an early warning system, to monitor the levels of virus circulating in the population and identify outbreaks even before cases are notified to the healthcare system.
В Бразилии (Флорианополис город на 5 тыс жителей(!), коронавирус был обнаружен в сточных водах (замороженные образцы) в ноябре 2019го.
SARS-CoV-2 is a respiratory vi rus and the transmis sion route is main ly through res piratory droplets or c ontac t w ith c ontaminated surfaces [3]. However, gastroi ntes tinal a nd l iver mani fes tati ons wi th high and prolonged faecal s hedding of up to 1 08 SARS-CoV-2 genom e copies per g of stool have reported [4,5].The analys is of human and animal sewag e has been suc cess ful ly applied in monitor ing the presenc e of biological risks [6], including enteric viruses [7]. A simila r monitor ing strategy has been applied for the de tection of S ARS- CoV-2 [8-15], demons trating its value as a non-invasiv e ea rly-warning tool for monitori ng the status and trend of CO VID-19 infection [12]. We analysed human sewage located in Florianópolis (Santa Catalina, Brazil) from late October until the Brazil lockdown on early March. We detected SARS-CoV-2 in two samples collected independently on 27th November 2019 (5.49±0.02 log genome copies/L). Subsequent samplings were positive until 4th March 2020 (coinciding with the first COVID-19 case reported in Santa Catalina), with a SARS-CoV-2 RNA increase of one log (6.68±0.02 log genome copies/L). Our results show that SARS-CoV-2 has been circulating in Brazil since late November 2019, much earlier than the first reported case in the Americas (21st January 2020, USA).
В Дании так же, в сточных водах уже обнаруживали коронавирус за 3 дня до 1 установленного диагноза "ковид" (февраль) в стране (причем в другом городе, чем 1 случай в стране).
Analysis was performed on both the liquid phase and solid phase of wastewater samples, with virus RNA detected in both phases but more frequently in the liquid phase. The virus was present in a sample from a Danish community wastewater treatment plant collected on February 24, 3 days before the first COVID-19 case was officially reported in the country.
В Нидерландах, в сточных водах вирус был обнаружен за 3 недели до того, как был зарегистрирован первый больной в стране (тоже февраль)
На мой взгляд, все это подтверждает идею, что вирус уже вполне свободно себе циркулировал по миру в 2019 году. В разное вермя в разных местах, но уже был на многих континентах. Где Китай, а где Испания с Италией, или где Бразилия.
Хорошо бы, если бы более широко проверили замороженные образцы сточных вод (или мазков или тканей с аутопсий, если есть) в разных странах.
Известно, что мониторинг содержания вируса в сточных водах довольно точно отражает динамику эпидемии ковида, и по количеству вируса в отходах можно предсказать наплыв очередной ковидной волны. Потому что вируса выделяется человеком, заболевшим ковидом, достаточно много -1.9×106 (2.3×105-2.0×108 95% credible interval) на 1 мл (или примерно грамм) фекальной массы. Причем начинается выделение вируса "снизу" -до симптомов и продолжается после выздоровления.
Для того, чтобы вирус можно было "словить" в сточных водах, заболеваемость должна составлять примерно 250 человек на 10 тыс населения. Или, по другим данным, если титр вируса в образце сточных вод 150 тыс копий на литр- это соовтетствует примерно 5.5 тыс больных ковидом.
For instance, a viral load of Y = 150,000 copies per liter would lead to an estimated number of X = 5,543 active cases
То есть, не 1 случай болезни нужен для того, чтоб в образце сточных вод отловили коронавирусную РНК.
И вот исследования замороженных (и свежих) образцов с водоочистных сооружений в Барселоне, Испания, показали, что первый случай ковида в 2020 году случился минимум на 41 день раньше, чем "импортированный"- 15 января, еще до того, как "объявили" пандемию (ВОЗ назвала происходящее пандемией 11 марта 2020го года). Тк образцы были не ежедневные, а взятые для зморозки раз в несколько недель, то, вероятнее всего, первые случаи начались ранее.
Кроме того, другой удивительной находкой этого исследования было то, что коронавирус нашли в замороженных образцах сточных вод, отобранных в период 2018-2019 годов, до эпидемии. А именно, в образцах марта 2019го.
Unexpectedly, analysis of archival samples revealed the increasing occurrence of SARS-CoV-2 genomes in samples from January 15 to March 4, 2020 (Figure 1, panelsDand E). Of note, SARS-CoV-2 was detected in sewage 41 days (January 15) before the declaration of the first COVID-19 case (February 25), clearly evidencing the validity of wastewater surveillance to anticipate cases in the population. This SARS-CoV-2 early detection in sewage supports the idea that COVID-19 cases may have been present in the population beforethe first imported case was reported. COVID-19 carriers may have been misclassified as influenza diagnoses in primary care, boosting community transmission before public health measures were taken(11).Additionally, there is a significant proportion of asymptomatic carriers that shed SARS-CoV-2 and contribute to the virus spread (12). Most COVID-19 cases show mild influenza-like symptoms (14)and it has been suggested that some uncharacterized influenza cases may have masked COVID-19 cases in the 2019-2020 season (11). This possibility prompted us to analyze some archival WWTP samples from January 2018 to December 2019 (Figure 2). All samples came out to be negative for the presence of SARS-CoV-2 genomes with the exception of March 12, 2019, in which both IP2 and IP4 target assays were positive. This striking finding indicates circulation of the virus in Barcelona long before the report of any COVID-19 case worldwide. Barcelona is a business and commerce hub, as well as a popular venue for massive events, gathering visitors from many parts of the world. It is nevertheless likely that similar situations may have occurred in several other parts ofthe world, with circulation of unnoticed COVID-19 cases in the community.
Кроме того, есть данные и по Италии- где в образцах декабря 2019 года тоже обнаружили коронавирус. В Милане и Турине- 18 декабря 2019 года, в Болонье- 29 января 2020 года. Все это- до того, как в стране были найдены и первые "официальные" случаи ковида, и до того, как считается, началась эпидемия.
We investigated the possibility that SARS-CoV-2 emerged in Italy earlier than that date, by analysing 40 composite influent wastewater samples collected - in the framework of other wastewater-based epidemiology projects - between October 2019 and February 2020 from five wastewater treatment plants (WTPs) in three cities and regions in northern Italy (Milan/Lombardy, Turin/Piedmont and Bologna/Emilia Romagna). Twenty-four additional samples collected in the same WTPs between September 2018 and June 2019 were included as blank samples. Viral concentration was performed according to the standard World Health Organization procedure for poliovirus sewage surveillance. Molecular analysis was undertaken with both nested RT-PCR and real-rime RT-PCR assays. A total of 15 positive samples were confirmed by both methods. Of these, 8 were collected before the first autochthonous Italian case. The earliest dates back to 18 December 2019 in Milan and Turin and 29 January 2020 in Bologna. Samples collected in January and February in the three cities were also positive.
Our results demonstrate that SARS-CoV-2 was already circulating in northern Italy at the end of 2019. Moreover, it was circulating in different geographic regions simultaneously, which changes our previous understanding of the geographical circulation of the virus in Italy. Our study highlights once again the importance of environmental surveillance as an early warning system, to monitor the levels of virus circulating in the population and identify outbreaks even before cases are notified to the healthcare system.
В Бразилии (Флорианополис город на 5 тыс жителей(!), коронавирус был обнаружен в сточных водах (замороженные образцы) в ноябре 2019го.
SARS-CoV-2 is a respiratory vi rus and the transmis sion route is main ly through res piratory droplets or c ontac t w ith c ontaminated surfaces [3]. However, gastroi ntes tinal a nd l iver mani fes tati ons wi th high and prolonged faecal s hedding of up to 1 08 SARS-CoV-2 genom e copies per g of stool have reported [4,5].The analys is of human and animal sewag e has been suc cess ful ly applied in monitor ing the presenc e of biological risks [6], including enteric viruses [7]. A simila r monitor ing strategy has been applied for the de tection of S ARS- CoV-2 [8-15], demons trating its value as a non-invasiv e ea rly-warning tool for monitori ng the status and trend of CO VID-19 infection [12]. We analysed human sewage located in Florianópolis (Santa Catalina, Brazil) from late October until the Brazil lockdown on early March. We detected SARS-CoV-2 in two samples collected independently on 27th November 2019 (5.49±0.02 log genome copies/L). Subsequent samplings were positive until 4th March 2020 (coinciding with the first COVID-19 case reported in Santa Catalina), with a SARS-CoV-2 RNA increase of one log (6.68±0.02 log genome copies/L). Our results show that SARS-CoV-2 has been circulating in Brazil since late November 2019, much earlier than the first reported case in the Americas (21st January 2020, USA).
В Дании так же, в сточных водах уже обнаруживали коронавирус за 3 дня до 1 установленного диагноза "ковид" (февраль) в стране (причем в другом городе, чем 1 случай в стране).
Analysis was performed on both the liquid phase and solid phase of wastewater samples, with virus RNA detected in both phases but more frequently in the liquid phase. The virus was present in a sample from a Danish community wastewater treatment plant collected on February 24, 3 days before the first COVID-19 case was officially reported in the country.
В Нидерландах, в сточных водах вирус был обнаружен за 3 недели до того, как был зарегистрирован первый больной в стране (тоже февраль)
На мой взгляд, все это подтверждает идею, что вирус уже вполне свободно себе циркулировал по миру в 2019 году. В разное вермя в разных местах, но уже был на многих континентах. Где Китай, а где Испания с Италией, или где Бразилия.
Хорошо бы, если бы более широко проверили замороженные образцы сточных вод (или мазков или тканей с аутопсий, если есть) в разных странах.