Первое двадцатилетие с рождения город Херсон развивался очень быстро. В рапорте от 1 мая 1784 г. в Петербург полковник Н.И. Корсаков писал, что город делится на три части: 1) Крепость, 2) Греческий форштадт, 3) Военный форштадт. В Крепости - 61 сооружение, в Греческом форштадте - 19 зданий. Строения называются: 1) Строение Херсонского гарнизонного полка, 2) Казенный сад, 3) Строение Тамбовского полка, 4) Строение Курского полка, 5) Строение у реки Кошевой (где были зимовники запорожских казаков). 6) На острове Карантинном - 10 зданий. В Военном форштадте 10 строений: 1) Адмиралтейские землянки, 2) Городская пристань, 3) Флотские землянки, 4) Почтовый двор, 5) Строение Навагинского, Козловского и других полков.
На месте Александр-Шанца строили крепость в форме эллипса, а адмиралтейство в форме полукруга. Они стали историческим центром города и размещались на трех террасах между двумя параллельными оврагами, спускающимися под небольшим углом к Днепру. Адмиралтейство занимало 40 десятин (44 га), крепость 90 десятин (99 га). Они были обнесены мощным земляным валом высотой до 15 м и внешним рвом. Валы насыпали землей солдаты, рабочие, принося ее в мешках и корзинах. На валах разместили 220 пушек. За пределами валов к западу были отрыты крестообразные минные галереи. Ломаная линия укреплений давала возможность вести перекрестный огонь. В крепости находилось много каменных строений. Здесь размещались помещения для офицеров и солдат, продовольственные склады, арсенал с 600 пушками, 5 пороховых погребов, лаборатория ружейных патронов, адмиралтейские мастерские, где отливали пушки; колодцы для питьевой воды до 70 м глубиной, вымощенные каменными плитами (для подъема воды использовали специальные машины), монетный двор. Последний основан по распоряжению князя Г.А. Потемкина со всем необходимым оборудованием для чеканки медной монеты. В 1790 г. была сделана пробная чеканка.
С расширением строительства крепости и верфи увеличилась и численность населения города. В 1782 г. гражданского населения «купцов: мужска - сто пятьдесят душ, женска - сто две души, мещан: мужска - шестьсот сорок восемь душ, женска - двести двадцать пять». Общая численность населения, вместе с военными, составляла приблизительно около 11 тыс. человек, а в 1787 г. - около 45 тыс. человек. Кроме русских,в Херсоне проживали греки, французы, итальянцы, поляки, сербы, немцы, евреи.
В 1782 г. Новороссийская губерния была разделена на уезды. В ее состав вошел образованный Херсонский уезд. Херсон превратился в крупный административный и культурный центр. В нем разместились не только уездные учреждения, но и Управление Морского и Военного ведомств Юга России.
За 7 лет со дня основания Херсона был построен Черноморский флот. В 1785 г. он состоял из 12 линейных кораблей, 20 фрегатов, 5 шхун, 23 транспортных судна (часть военных судов прибыла с Азовской флотилии). Указом от 13 августа 1785 г. Потемкин назначен Главнокомандующим Черноморского флота и Черноморского адмиралтейства, которое открылось 27 сентября 1785 г. в Херсоне. Город стал центром Черноморской, Азовской, Каспийской флотилий.
В конце XVIII в. промышленное развитие Херсона связано с нуждами Черноморского флота и торговли. В 1790 г. в городе основан первый на юге литейный завод для оснащения пушками Черноморского флота. На нем также отливали колокола, снаряды, якоря и разные корабельные принадлежности. К 1793 г. на заводе изготовили 431 медную пушку, затем все оборудование передали Луганскому чугунолитейному заводу. В городе работало 5 кирпичных заводов, 18 кузниц. Севернее Купеческого города и вдоль балки работало два кожевенных и четыре свечных завода. В 1793 г. основан канатный завод на месте, где сейчас расположен центральный рынок. По плану строительства города все промышленные предприятия вынесены на окраины.
Херсон XVIII в. не только центр военного судостроения, но и крупный торговый город-порт на юге России, перевалочный пункт товаров из России за рубеж и из-за границы в Россию. Утверждение России на берегах Черного моря способствовало развитию промышленности, расцвету внутренней и внешней торговли. Уже через два года после начала строительства в Херсон пришли первые торговые суда. В 1782 г. опубликован указ о свободной торговле лесом и хлебом. Со всех сторон в город устремились предприниматели, появляются коммерческие дома и фирмы. В 1782 г. возникает Компания польских магнатов с капиталом в 120 тысяч рублей.
В конце 80-х гг. XVIII в. ситуация изменилась не в пользу Херсона. В 1788 г. Потемкин получил сообщение о возможности строительства верфи на левом берегу Бугского лимана при слиянии Южного Буга и Ингула. Он приказал полковнику Фалееву: «Препоручаю вам заложить на Ингуле эллинг для построения по отработанному рисунку двух кораблей пятидесятипушечных». 27 августа 1790 г. Потемкин подписал приказ о наименовании верфи - город Николаев, в память о штурме Очакова 6 декабря в день Николая Чудотворца. В 1790 г. за 8 месяцев построен 44-пушечный фрегат «Святой Николай».
В 1794 г. на месте татарского поселения Хаджибей, вблизи Хаджибейского и Куяльницкого лиманов, началось строительство морской гавани по проекту инженера Ф. Деволлона под руководством А.В. Суворова и О.М. Дерибаса. В 1795 г. Хаджибей переименован в Одессу. Херсон с его неудобным для крупных кораблей портом теряет свое значение важнейшего центра военного судостроения и главного торгового порта на Черном море. В 1794 г. в Николаев переводят главное управление Черноморского флота и военного судостроения. Николаев становится центром строительства кораблей для Черноморского флота. Часть купеческих контор и фирм из Херсона переезжает в Одессу, которая становится центром торговли на Черном море. Таможня переводится в Очаков.
Сокращается объем торговли. Это приводит к резкому сокращению населения. В 90-е гг. из Херсона в Николаев переехало 5 тыс. мастеровых и 3 тыс. членов их семей. В 1799 г. в городе проживало 1957 человек. Все это замедлило развитие Херсона. Он превращается в обычный провинциальный уездный город.