Гены

Dec 04, 2015 17:09

Сегодня выложу чужой текст: маленькую емкую статью Бориса Жукова о генетическом редукционизме. Как-то я ее раньше не видел. Очень простенькая иллюстрация к теме:


Read more... )

методология

Leave a comment

livelogic December 9 2015, 08:12:54 UTC
>Конечно, одинаковый набор генов не означает, что и активность их будет одинакова во всех тканях на всех этапах развития особей. Но что включает и выключает те или иные гены в нужное время в нужном месте? Получается, что нечто, присущее всем особям данного вида и исправно передающееся из поколения в поколение, то ли вовсе не зафиксировано в геноме, то ли зафиксировано каким-то неизвестным нам пока, нетекстовым образом.

Не очень понятно, в чем тут проблема.

В 2006 г. биолог Мадан Бабу из Кембриджского университета с коллегами опубликовали серьезное исследование о происхождении управляющих схем E. coli. Ученые начали с поиска у бактерии генетических переключателей - белков, которые связываются с ДНК и занимаются тем, что включают и выключают гены или воздействуют на них иным образом. Они насчитали более 250 таких переключателей. Затем они изучили научную литературу и попытались разобраться, какие именно гены контролируются этими переключателями. В конце концов Бабу с коллегами составили схему плотной паутины из 755 генов и 1295 связей ( ... )

Reply

caenogenesis December 9 2015, 10:18:14 UTC
Ну "универсальный геном" Шермана - чушь.
И генные сети - это еще не все, хотя и очень важная штука, конечно.

Reply

livelogic December 9 2015, 10:44:17 UTC
Эта чушь имеет довольно милые ушки, которые весьма соблазнительно иногда разглядеть, например:

http://elementy.ru/news/430559
Базовая генетическая программа, имевшаяся уже у первых животных, оказалась столь удачной и гибкой, что дальнейшая эволюция животного царства - в том числе и прогрессивная эволюция, связанная с усложнением организма, - уже почти не требовала радикальных изменений самой программы. Достаточно было лишь небольших изменений в «настройках» (например, менялись регуляторные участки ДНК, от которых зависит тонкая настройка работы генов-регуляторов).

Reply

caenogenesis December 9 2015, 16:40:11 UTC
Да нет там ничего особенного милого. Как по мне - "смесь тривиальностей и бессмысленностей" (=

Reply

livelogic December 9 2015, 20:01:46 UTC
А вот еще хорошее рассуждение ;)

http://elementy.ru/novosti_nauki/432607/
Вывод: общий предок губок имел значительно более богатый набор белков и генов, контролирующих развитие, чем любой из современных классов этого типа.

- Ну да, так скоро и до LUCA с кишечником дойдём
- Ну, то, что у первых Metazoa был кишечник, предположил Геккель.

Reply

caenogenesis December 9 2015, 20:02:34 UTC
А при чем тут гипотеза Шермана?

Reply

livelogic December 9 2015, 20:25:58 UTC
Тексты типа "Всех факторов, которые были у предка, не сохранил никто" совершенно естественны для описания процессов в рамках гипотезы Шермана.

Reply

caenogenesis December 9 2015, 20:31:50 UTC
Гипотеза Шермана бессмысленна. Хотя бы потому, что в его статье нигде не сказано, о каком общем предке идет речь и в какой точке эволюционного древа животных этот предок находился. Не надо сравнивать мою статью со статьей Шермана :)

Reply

livelogic December 9 2015, 20:49:22 UTC
>Хотя бы потому, что в его статье нигде не сказано, о каком общем предке идет речь и в какой точке эволюционного древа животных этот предок находился.

Ну я так понял, что у Шермана речь идет про LUCA, в котором появился "универсальный геном", и дальнейшая эволюция шла - в основном - путем потери генетического материала и включения тех или иных переключателей.

>Не надо сравнивать мою статью со статьей Шермана :)

Боже упаси :)

Reply

caenogenesis December 9 2015, 20:51:13 UTC
LUCA???

Да ведь в статье Шермана говорится про гены, которые есть у многоклеточных животных, и то не у всех. При чем тут LUCA?

Reply

livelogic December 9 2015, 21:08:05 UTC
Незадолго до кембрийского взрыва появился мощный "универсальный геном", от которого все и пошло, я так понимаю суть гипотезы Шермана.

Reply

livelogic December 9 2015, 21:10:39 UTC
This hypothesis postulates that (1) shortly (in geological terms) before Cambrian
period a Universal Genome that encodes all major developmental programs essential for every phylum of Metazoa emerged in a unicellular or a primitive multicellular organism;

Reply

caenogenesis December 9 2015, 21:17:29 UTC
Перечитал. Подтверждаю свой вывод, сделанный, когда на эту работу обратила мое внимание Ася Казанцева: статья совершенно пустая, там просто даже нечего пересказывать. Конкретики очень мало. Автор то говорит об общем предке всех многоклеточных животных, то вдруг перескакивает на общего предка гораздо более узкой группы (Bilateria + Cnidaria). В итоге к концу статьи становится вообще непонятно, о чем речь-то.

"Когда Швейк прочёл всё это старшему писарю, Ванек торжественно заявил, что подобные телефонограммы кидают в нужник".

Reply

caenogenesis December 9 2015, 21:10:47 UTC
А какое отношение имеет LUCA к кембрийскому взрыву??? Их разделяет три миллиарда лет и огромная дистанция на филогенетическом древе. "Где имение, а где вода... Огромное расстояние".

Reply

livelogic December 9 2015, 21:16:37 UTC
>Их разделяет три миллиарда лет и огромная дистанция на филогенетическом древе.

Так это если исходить из "традиционного LUCA". Но в этом смысле да, если LUCA(r) или LUCA(tm), то использовать понятие LUCA некорректно, оно зарезервировано. Но по сути у Шермана это другой вариант LUCA, т.е. от него все пошло. Хотя, может быть, чего-то не понимаю.

Reply

caenogenesis December 9 2015, 21:18:07 UTC
Вот и я не понимаю, о чем там вообще говорится :)

Reply


Leave a comment

Up