Интерьер церкви от первоначального замысла сохранил только план, все внутреннее маньеристично-барочное убранство целиком создано в XVI-XVII веках. Широко расставленные столбы создают ощущение единого пространства.
Пресвитерий отделён от главного нефа резной деревянной алтарной преградой. Над ней расположено распятие XIV века.
Деревянные интарсии на библейские темы в алтарной части созданы рядом мастеров, в числе которых Лоренцо Лотто. Особенностью этих интарсий является их широкая полихромность, достигнутая использованием большого числа сортов дерева и его особой обработке. Подробно здесь http://sibeaster.livejournal.com/161684.html
Плафонная живопись и лепнина поражает богатством и разнообразием.
В правом трансепте частично сохранились фрески неизвестных мастеров XIV века, частично покрытых фресками XVII века.
Стены частично задрапированы шпалерами, ряд из них выполнен во Флоренции (1583-1586) по эскизам Алессандро Аллори, ряд во фламандских мастерских.
В интерьере церкви выделяется находящийся в начале левого нефа резной деревянный конфессионал Андреа Фантони (1704 год)
Уго да Кампьоне. Гробница кардинала Гульельмо Лонги Алессандрини(1319-1320).