"Objects as a hash-tables" в Javascript.
Навеяно этим.
Я бы сказал, что в данном случае проблема не в модификации Object.prototype, а в лени тех, кто пытается использовать объект как хэш-таблицу. Собственно, для поддержания совместимости достаточно добавить простейшее условие - текущий элемент "таблицы" не должен содержаться в Object.prototype или не должен быть равен значению из Object.prototype.
Я бы сказал, что в данном случае проблема не в модификации Object.prototype, а в лени тех, кто пытается использовать объект как хэш-таблицу. Собственно, для поддержания совместимости достаточно добавить простейшее условие - текущий элемент "таблицы" не должен содержаться в Object.prototype или не должен быть равен значению из Object.prototype.