Комментарий gpuccio об обработке знаков в процессе белкового синтеза
В продолжение к недавней дискуссии, развернувшейся в комментариях под записью "Семиотическое замыкание", и в дополнение к записи "Обработка знаков не возникает в природе сама собой (без участия внешнего интеллекта)" приведу следующий комментарий.
Автор комментария - gpuccio. Он публикует статьи в пользу гипотезы дизайна биосферы в блоге uncommondescent.com. Это комментарий в защиту тезиса о том, что выражение "генетический код" не метафора, но что генетический код представляет собой код в строгом смысле слова. Точно в таком же смысле, в каком слово "код" употребляется при формулировании утверждений в математике, при написании компьютерных программ, текстов на английском, русском и других естественных языках, регламентировании правил дорожного движения, выработке ключей шифрования и пр.
https://uncommondescent.com/intelligent-design/how-some-materialists-are-blinded-by-their-faith-commitments/#comment-655263
Мой перевод:
а) Если имеется непосредственное физико-химическое взаимодействие и результат его является следствием физических законов, то никакого кода нет. Например, в случае, когда некоторый фермент катализирует некоторую реакцию вследствие того, что он имеет специфическую пространственную конфигурацию, никакого кода нет. Надо сказать, что конфигурация фермента характеризуется некоторым количеством функциональной информации, что также отражено в рамках гипотезы ID. Однако это требует отдельного разговора, поэтому данного вопроса мы здесь касаться не будем.
б) Если взаимодействие не непосредственное, но происходит при посредничестве соединения, распознающего сигнал и ассоциирующего с этим сигналом некоторый произвольный физический эффект (произвольный в том смысле, что данный эффект не может быть вызван сигналом непосредственно), то имеется код.
Например, в случае трансляции мРНК → белок, ассоциация между кодонами и аминокислотами производится 20 аминоацил-синтетазами (или, сокращенно, арсазами). Эти белки сконфигурированы так, что они способны независимо распознавать антикодон "правильной" тРНК, нагружая молекулу тРНК "правильной" аминокислотой. Сам по себе антикодон не может вызвать загрузку тРНК. Каждый антикодон распознается своей арсазой, настроенной так, чтобы химически ассоциировать данный антикодон с соответствующей по генетическому коду аминокислотой. Иными словами, 20 арсаз - это репозиторий генетического кода и ключ к трансляции.
Итак, если бы код не был произвольным, код не был бы кодом. Всё очень просто и мне неясно, что здесь непонятного.
Символ - это объект, представляющий (обозначающий) другой объект, но не имеющий непосредственной физико-химической связи с тем, представлением (обозначением) чего он является.
Кодон мРНК представляет (обозначает) аминокислоту, но сам по себе он не может вставить аминокислоту в синтезируемый белок.
Слово представляет что-то, но слово - лишь символ. То же самое с кодонами.
Одно и то же может быть обозначено различными словами. Точно так же, одна и та же аминокислота может быть обозначена различными кодонами, потому что генетический код избыточен.
Но вот ещё что. Генетический код может быть искусственно изменён экспериментально. Это уже было сделано:
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.4161/adna.29408
Такие изменения возможны именно потому, что код произволен. Это именно код и это символьный код [хотя это и избыточно, я оставил слово "символьный", как в оригинале, - mns2012].
Оригинальная цитата:
a) If an interaction is direct, and the result is the consequence of physical laws, there is no code.
So, an enzyme catalyzes a reaction because of its specific configuration: there is a lot of specific functional information, but not a symbolic code.
b) If the interaction is indirect, and it is mediated by an intermediate which recognizes a signal and couples it arbitrarily to an ouctome, an outcome that the signal itself cannot cause, then we have a symbolic process.
So, in the translation from mRNA to protein, the coupling between codon and aminoacid is made by the 20 aatRNA synthetases. Those proteins are configured so that they recognize, independently, the codon of the correct tRNA, charging it with the correct aminoacid.
The codon itself cannot cause the charging of the tRNA. The codon is simply recognized by the correct aatRNA sinthetase, and the protein itself is configured so that it couples that codon to the correct aminoacid.
IOWs, the 20 aatRNA synthetases are the repositosy of the code, and the true key to its translation.
So, if the code were not arbitary, it would not be a code. It’s very simple, and I don’t understand your difficulties with the concept.
A symbol is something that represents something else, but has no direct connection with what it represents.
A codon represents an aminoacid, but in itself it has no power to incorporate that aminoacid into the protein.
A word represents something, but it is only a symbol. So is the codon.
The same thing can be represented by different words. So, indeed, the same AA can be represented by different codons, because the code is redundant.
But there is more. The code itself can be artificially changed in experiments. That has been done, to a limited extent. See here:
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.4161/adna.29408
This is possible because the code is arbitrary. It is a code, and it is symbolic.
Автор комментария - gpuccio. Он публикует статьи в пользу гипотезы дизайна биосферы в блоге uncommondescent.com. Это комментарий в защиту тезиса о том, что выражение "генетический код" не метафора, но что генетический код представляет собой код в строгом смысле слова. Точно в таком же смысле, в каком слово "код" употребляется при формулировании утверждений в математике, при написании компьютерных программ, текстов на английском, русском и других естественных языках, регламентировании правил дорожного движения, выработке ключей шифрования и пр.
https://uncommondescent.com/intelligent-design/how-some-materialists-are-blinded-by-their-faith-commitments/#comment-655263
Мой перевод:
а) Если имеется непосредственное физико-химическое взаимодействие и результат его является следствием физических законов, то никакого кода нет. Например, в случае, когда некоторый фермент катализирует некоторую реакцию вследствие того, что он имеет специфическую пространственную конфигурацию, никакого кода нет. Надо сказать, что конфигурация фермента характеризуется некоторым количеством функциональной информации, что также отражено в рамках гипотезы ID. Однако это требует отдельного разговора, поэтому данного вопроса мы здесь касаться не будем.
б) Если взаимодействие не непосредственное, но происходит при посредничестве соединения, распознающего сигнал и ассоциирующего с этим сигналом некоторый произвольный физический эффект (произвольный в том смысле, что данный эффект не может быть вызван сигналом непосредственно), то имеется код.
Например, в случае трансляции мРНК → белок, ассоциация между кодонами и аминокислотами производится 20 аминоацил-синтетазами (или, сокращенно, арсазами). Эти белки сконфигурированы так, что они способны независимо распознавать антикодон "правильной" тРНК, нагружая молекулу тРНК "правильной" аминокислотой. Сам по себе антикодон не может вызвать загрузку тРНК. Каждый антикодон распознается своей арсазой, настроенной так, чтобы химически ассоциировать данный антикодон с соответствующей по генетическому коду аминокислотой. Иными словами, 20 арсаз - это репозиторий генетического кода и ключ к трансляции.
Итак, если бы код не был произвольным, код не был бы кодом. Всё очень просто и мне неясно, что здесь непонятного.
Символ - это объект, представляющий (обозначающий) другой объект, но не имеющий непосредственной физико-химической связи с тем, представлением (обозначением) чего он является.
Кодон мРНК представляет (обозначает) аминокислоту, но сам по себе он не может вставить аминокислоту в синтезируемый белок.
Слово представляет что-то, но слово - лишь символ. То же самое с кодонами.
Одно и то же может быть обозначено различными словами. Точно так же, одна и та же аминокислота может быть обозначена различными кодонами, потому что генетический код избыточен.
Но вот ещё что. Генетический код может быть искусственно изменён экспериментально. Это уже было сделано:
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.4161/adna.29408
Такие изменения возможны именно потому, что код произволен. Это именно код и это символьный код [хотя это и избыточно, я оставил слово "символьный", как в оригинале, - mns2012].
Оригинальная цитата:
a) If an interaction is direct, and the result is the consequence of physical laws, there is no code.
So, an enzyme catalyzes a reaction because of its specific configuration: there is a lot of specific functional information, but not a symbolic code.
b) If the interaction is indirect, and it is mediated by an intermediate which recognizes a signal and couples it arbitrarily to an ouctome, an outcome that the signal itself cannot cause, then we have a symbolic process.
So, in the translation from mRNA to protein, the coupling between codon and aminoacid is made by the 20 aatRNA synthetases. Those proteins are configured so that they recognize, independently, the codon of the correct tRNA, charging it with the correct aminoacid.
The codon itself cannot cause the charging of the tRNA. The codon is simply recognized by the correct aatRNA sinthetase, and the protein itself is configured so that it couples that codon to the correct aminoacid.
IOWs, the 20 aatRNA synthetases are the repositosy of the code, and the true key to its translation.
So, if the code were not arbitary, it would not be a code. It’s very simple, and I don’t understand your difficulties with the concept.
A symbol is something that represents something else, but has no direct connection with what it represents.
A codon represents an aminoacid, but in itself it has no power to incorporate that aminoacid into the protein.
A word represents something, but it is only a symbol. So is the codon.
The same thing can be represented by different words. So, indeed, the same AA can be represented by different codons, because the code is redundant.
But there is more. The code itself can be artificially changed in experiments. That has been done, to a limited extent. See here:
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.4161/adna.29408
This is possible because the code is arbitrary. It is a code, and it is symbolic.