Бывает так, что словишь вирусню на сайте.
Просканировать можно разными инструментами, делюсь ссылкой:
http://www.pr-cy.ru/blogs/post/696/ А дальше не забудьте сказать поисковикам, что сайт больше не опасен. Гуглу, например, надо в ножки упасть на переиндексацию.