Более удобный способ работы с FIM-сервисом через PowerShell. Установка производится инсталятором. Если установка производится на машине, где не устанлен FIM-сервис, то необходимо зарегистрировать библиотеку Microsoft.ResourceManagement.dll с помощью gacutil.exe
http://lithnetrma.codeplex.com/