В мае 1948 года на праздник святых Константина и Елены отец Клеопа, обращаясь к пастве с проповедью, сказал: "Да дарует нам Господь, чтобы наши собственные правители стали подобными святым царю и царице, чтобы Церковь могла воспоминать их в веках". На следующий день полиция арестовала отца Клеопу. Он был брошен в тюрьму. В камере без постели он провел пять дней. Все это время ему не давали ни пищи, ни воды. Когда отца Клеопу выпустили из тюрьмы, добрые люди посоветовали ему скрыться в горах. И он последовал этому совету, укрывшись в горах в хижине. Здесь старец молился день и ночь, взыскуя помощи Господа и Божией Матери.
В это время старец сподобился посещения благодати Божией. Когда он строил свою хижину (рассказывал позднее старец своим ученикам), птицы прилетали и садились ему на голову.
Литургию поначалу он служил прямо на пне перед своей хибаркой. Когда однажды он причащался святых таин, птицы, слетевшиеся к нему, расселись особым образом, так, как раньше он никогда не видел. Присмотревшись, старец заметил, что у каждой на голове был знак креста.
В другой раз старец, готовясь к литургии, прочитал все молитвы, расстелил антиминс на пне и произнес возглас: "Благословенно царство Отца и Сына и Святого Духа ныне и присно и во веки веков". Тут же опять собрались птицы и, рассевшись по веткам деревьев, завели удивительные по красоте трели. Отец Клеопа спросил самого себя: "Что это может быть?". И тут раздался тихий голос: "Это твои певчие на клиросе". Были и другие знамения, укреплявшие старца в годы его скитаний.
Старец Клеопа Архимандрит Иоанникий (Балан)