Старец обладал большой православной чуткостью и поэтому не принимал общих молитв и церковного общения с неправославными. Он говорил: «Для того, чтобы вместе помолиться с кем-то, нам необходимо сначала прийти с ним к согласию в вере». Если священнослужитель соучаствовал в общих молитвах с инославными, старец прерывал с ним всякую связь и избегал встреч с ним. «Таинства» инославных он не признавал и советовал, прежде чем принимать инославных в Православную Церковь- конечно, через Крещение,- как следует научить их истинам веры.
Старец Паисий боролся с экуменизмом и говорил о величии и исключительности Православия, при этом не желая выглядеть исповедником. Однако он противодействовал неправославным поступкам некоторых церковных лиц. «Церковь- это не прогулочный корабль того или иного епископа, чтобы он плыл на нём, куда ему вздумается». Противодействия старца неправославным действиям того или иного епископа сопровождались многими молитвами и любовью к Церкви.
Несчастны те, кто откололся от Церкви. Большинство из них имеют и благоговение, и бескомпромисстность, и подвижнический дух, и ревность по Богу, только их ревность нерассудительна, она «не по разуму». Некоторые были вовлечены в этот раскол по простоте, другие- по незнанию, третьи- по эгоизму. «Мы должны любить их, нам должно быть за них больно, мы не дожны их осуждать. Надо молиться, чтобы Бог просветил их, а если иногда кто-то из них, будучи расположен по-доброму, попросит нас о помощи, то мы должны помочь».
«Житие старца Паисия Святогорца» иеромонах Исаак, изд. «Святая гора» Москва, 2006 стр.702-708