Выход был найден по-японски гибкий. Постепенно негласно договорились, что каждый «китайский знак» может иметь более одного чтения: в исконных словах он читается по-японски, а в китайских заимствованиях - по-китайски, или, точнее, так, как японцы слышат китайское произношение. Теперь большинство иероглифов имеет так называемое «китайское» чтение (он-ёми) и «японское» чтение (кун-ёми). Общие правила сейчас таковы: если иероглифы стоят группой, то они читаются китайскими чтениями, если поштучно, в окружении азбуки, то - по-японски. Впрочем, исключений из этих правил тоже более чем достаточно.
Ситуация «один знак - несколько чтений» существует и в других языках, но, скорее, как экзотическое явление, а не как неотъемлемая черта. Скажем, если в каком-то месте русского текста стоит знак «3», то в принципе он может читаться и «зэ», и «три» - все зависит от знаков, стоящих по соседству.
В японском же это не исключение, а правило. Многие иероглифы имеют по несколько китайских чтений, поскольку они заимствовались в разное время и из разных районов Китая, в которых произношения различаются.