Люди селились на территории данной местности начиная с 5-6 тысячелетия до н. э. При раскопках городища в Городне найдены осколки кремня, наконечники стрел, фрагменты ямочно-гребенчатой керамики, относящиеся к временам позднего неолита. Во 2-ом тысячелетии до н. э. распространяется фатьяновская культура. Во второй половине первого тысячелетия до н. э. распространяется дьяковская культура, бронзовый век сменяется железным. В VII-VIII веках н. э. край заселяется славянским племенем кривичей. В 1944 году при раскопках Городни обнаружены остатки славянской, дьяковской, бронзовой культур.
Городище овальной формы площадью около 5000 м2 отделялось от равнины оврагами. Крепость располагалась на 20 метров над уровнем реки, у её подножья на низменном берегу Волги находился посад, защищённый валом высотой более 2-х метров.
По одним данным, впервые город Вертязин упоминается в 1312 году, здесь тверской князь Михаил Ярославич подписал мирный договор с побеждёнными новгородцами. По другим - первое упоминание о городе было в 1399 году.
Город был центром удела Холмских князей, затем перешёл к тверским князьям.
В 1390 году упоминается в летописи: «В ту же осень пристроили крепость в Городке на Волге»
В 1399 году по завещанию тверского великого князя Михаила Александровича Вертязин в числе прочих тверских городов отходил старшему сыну Ивану Михайловичу.
В конце XIV-начале XV века в городе была возведена белокаменная церковь Рождества Пресвятой Богородицы. 31 октября 1412 года она пострадала во время опустошительного пожара. Из сообщения об этом бедствии видно, что Городень был крупным княжеским центром с княжеским двором, «имениа княжа и жита» и всевозможными запасами. Церковь, вероятно, была восстановлена при Борисе Александровиче Тверском в 40-х годах XV века.
В 1412 году Александр Иванович Тверской (сын Ивана Михайловича, внук Михаила Александровича), на месте древнего Вертязина «паки заложи Городен и пристави людей множество Тверичь и Кашинцев, и срублен бысть вборзе».
По некоторым испочникам в середине XV века в Вертязине чеканят княжеские монеты - «деньгу городескую», другие источники называют это утверждение ошибочным, так как название Городец относилось также к более крупному городу Старице.
После падения в сентябре 1485 года Великого княжества Тверского Городень с прочими тверскими городами и землями отошёл Ивану Ивановичу Молодому - сыну Ивана III. Не ранее 21 декабря 1506 года великий князь московский Василий Иванович передаёт полученный от отца «Городень городъ» вместе с Клином в вотчину новокрещеному казанскому князю Петру.
С XVI века Городня известна как почтовая станция на дороге между Москвой и Новгородом. По данным Писцовой книги 40-х годов XVI в., «на Городне», помимо собора Рождества Пресвятой Богородицы, находилась церковь Воскресения и два монастыря - Петровский, владевший восемью деревнями и починком, и Афанасьевский - с двумя деревнями и двумя пустошами.
В 1569 году Иван Грозный разрушает Городню, заподозрив его жителей в измене, повторное опустошение город испытывает в начале XVII века при столкновениях с поляками русских войск под предводительством боярина Скопина-Шуйского. К середине XVII века Городень превращается в «село Городок, Городен Вертязин тож» Захожского стана Тверского уезда, которое царь жалует боярину Борису Ивановичу Морозову, с 1678 года снова дворцовое село, а в начале XVIII века Пётр I подарит его князю Меньшикову, но после того как тот попадает в опалу, его владения конфисковывают.
С 1730-х годов Городня принадлежала военному бригадиру Петру Алексеевичу Бему, на его деньги после очередного пожара 1716 года церковь была «возобновлена» в 1740-1745 годах: отремонтирован и расписан храм, построены кирпичные трапезная и шатровая колокольня.
В конце XVIII века в Городне был построен Путевой дворец (архитектор М. Ф. Казаков), в котором останавливались цари, государственные курьеры, иностранные дипломаты. По другим данным, автором проекта дворца был архитектор П. Р. Никитин, а возведён дворец был в стиле позднего барокко в 1776 году по указу Екатерины II, по аналогичному проекту строились Путевые дворцы в Торжке, Вышнем Волочке, Выдропужске, Медном.
В 1856 году Городню посетил знаменитый русский драматург А. Н. Островский, по заданию морского министерства он изучал экономику и быт приволжского населения. «Приобидела чугунка нас», - пожаловался ему ямщик, а когда писатель посоветовал местным жителям заняться земледелием, ему ответили: «От косы да от сохи не будешь богат, а будешь горбат».
В 1866 году, после изучения за границей техники и организации молочного дела, Н. В. Верещагин при помощи Российского вольного экономического общества организовал в районе производство сыра, была создана артель и в Городне.
После земской реформы, в 1880 году в Путевом дворце была открыта больница на 25 коек, считавшаяся самой большой и благоустроенной больницей в губернии, кроме неё, действовал также акушерский пункт.
В конце XIX - начале XX века село насчитывало 1200 жителей.
XX век - наши дни.
В начале 1930-х годов в селе открывается грязелечебница.
Во Время Великой Отечественной войны 15 ноября 1941 года немецкие части 9-й армии и 3-й танковой группы генерала Готта (Группа армий «Центр») нанесли сильнейший удар по позициям 30-й армии (Калининский фронт) в районе Городни. Завидовский район был оккупирован с 17 ноября по 13 декабря 1941 года. Селяне вспоминали об оккупации:
« Пребывание немцев в нашем селе мы считаем самым величайшим несчастьем, какое когда-либо было в нашей жизни. Немцы совершенно разорили нас, ограбив начисто, и своим террором довели до того, что одна крестьянка нашего села, Репкина Прасковья Яковлевна, сошла с ума, а крестьянин Михаил Алексеевич Тороторин покончил жизнь самоубийством».
Северо-западная часть Завидовского района была освобождена 46-ой стрелковой дивизией.
В 1970-1980 годах Храм Рождества Богородицы реставрировался под руководством архитектора-реставратора Б. Л. Альтшуллера. В начале 1990-х по инициативе настоятеля храма Алексея Злобина в селе открывается церковно-приходская школа, а в начале 2000-х - православная гимназия, рассчитанная на 140 учащихся.