Comments | aridmoors: про воспроизводимость

aridmoors

про воспроизводимость

May 15, 2016 08:19

Вчера ездила еще раз в свою старую лабу, поговорить про мой проект. Как ученый, я очень счастлива. Все мои данные, которые я получила, были повторены моим сенсеем без малейших отклонений (он готовит все это к печати и хотел снять картинки покруче - ну и доработать проект). Более того, там получилось так красиво, что мне хотелось заплакать от ( Read more... )

Leave a comment

Back to all threads

vadperez May 15 2016, 00:37:20 UTC

Гм, первое что выдал гугль http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3708879/

aridmoors May 15 2016, 00:52:04 UTC

Ахренеть. То есть получается первый вариант - что генерится туча фигни, если второй ATG там на достаточном расстоянии?

Мне кстати нравится, что можно вот так сразу найти статью по теме, которая действительно сходится с тем, что у меня в wetlab получается руками. Кто вообще после этого может говорить про невоспроизводимость, я не знаю.

vadperez May 15 2016, 00:59:29 UTC

вроде по этой теме прилично наработок, киворды: atg start codon context protein translation initiation
вроде мы еще факт наблюдали, но пожалуй приберегу для возможных студентов))) не буду пока палить))

aridmoors May 15 2016, 01:16:05 UTC

Прикольно. Я никогда траскрипцией и трансляцией не занималась, поэтому делала исходя из того, что написано в учебниках (даже не так: было написано в учебниках раньше, когда я их читала), поэтому такого я не ожидала. Прикольно получилось. И классно, что оно появляется у других людей тоже. Значит, все правильно работает ( ... )

vadperez May 15 2016, 01:18:20 UTC

там тоже есть наработки (не джинса): dna20.ком

aridmoors May 15 2016, 01:21:03 UTC

Раз пошла такая пьянка, может вы тогда знаете, где бы лучше всего задизайнить себе crispr-cas один (knock-in)? Взять кит у компании или делать где с каким-то интернет-ресурсом?

Там правда написано To determine the best possible option for your research project contact us at: +1 877 3... or info@DNA20

Или это не тот сайт?

vadperez May 15 2016, 01:44:19 UTC

сайт тот
честно говоря, я не работал с криспр-кас и как-то не следил за этой темой.
но может crispr.mit.edu ? вот тут его цитируют ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4265475/

компаний сейчас много... genecopoeia.ком taconic.ком
bmcbiotechnol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12896-016-0234-4
а точно нельзя просто этих мышей купить? поучиться их создавать - это классно, но это - время...

aridmoors May 15 2016, 06:50:41 UTC

Мы пытемся сейчас найти этих мышей в Японии у кого-нибудь. Если нам не дадут (пожадничают), то покупка тогда ограничивается зарубежными компаниями, а это - головняк хуже, чем создавать мышь с нуля. Начиная с того, что по японским законам там должен быть карантин, что на импорт генных мышей надо заполнять туеву хучу бумаг, и плюс ко всему прочему это будет еще и стоить в районе 2-5 тысяч долларов. Как-то очень уж мрачно. Я не знаю, тут сенсей будет решать, деньги на мышь (равно как и на ее создание) его.

vadperez May 15 2016, 01:00:34 UTC

про воспроизводимость: с магнием клеточным поработайте))

aridmoors May 15 2016, 01:18:41 UTC

А что там с магнием?

vadperez May 15 2016, 01:23:58 UTC

видимо - популяционная гетерогенность. если выборка большая (цитометрия) - вроде норм, но если брать малые популяции будет скакать. иногда эффект будет, иногда - нет. я бы вообще сказал что магний - типа кальция для больших временных отрезков, если повторить например эксперимент весной и осенью - вполне допускаю что результаты будут различными и не будут воспроизводиться)

aridmoors May 15 2016, 01:29:55 UTC

Ооооо, это по-моему очень много где. Я сейчас ходила на местную конференцию по стволовым клеткам (у нас же тут типа мировой центр), так они вообще так прямо и заявляют: из 10 человек только 3 могут перепрограммировать iPS. У других не получается. Руки не из того места растут, видимо. Раньше никто не пытался замерять, почему это так, а тут они сделали презентацию как они замерили все это дело - тупо стояли и снимали как люди делают культуру (пересаживают клетки) - так они все это делают по-разному. Кто-то медленно, кто-то быстро, кто-то по стенке пробирки сливает, кто-то четко в центр, кто-то сильно мотает в пипетке, кто-то слабо... короче очень наглядно продемонстрировали, сколько реально различий, которые мы не замечаем, которые потом отражаются в том, как клетки себя ведут на уровне популяций ( ... )

vadperez May 15 2016, 01:48:31 UTC

Обоката закусывает губу от обиды))
а че, все привыкли что клетки если не показывают Са2+ рилиз значит ничего не чувствуют)) а механочувствительность никто не отменял) и она вполне может быть не повязана на кальции кроме специфических случаев с Piezo, который не во всех клетках экспрессируется)

Subject: Инициация трансляции и все-все-все Альтернативны hati_runner May 15 2016, 12:33:30 UTC

Альтернативные старты трансляции уже не новость лет двадцать :) И кроме классического АТГ, синтез может начинаться и с других кодонов. А эффективность инициации зависит от множества параметров - контекста старт-кодона, стуктуры рнк 5" нетранслируемой области, наличия открытых рамок считывания перед основной, концентрации факторов инициации и их фосфорилирования. Для клеточных белков можно открыть данные по рибосомному профиллингу и оценить количество экспрессируемых изоформ, например здесь - http://gwips.ucc.ie/cgi-bin/hgGateway
Насчёт свободного магния - да, востпроизводимо мерять концентрацию не получается. И, кстати, магний - ещё один регулятор инициации трансляции :)

Back to all threads