Инструкция к vahaduo и G25

[andvari5]

Этот пост скорее технический, для личных нужд.

Возникла потребность написать инструкцию к ресурсы vahaduo. Не все понимают, как им пользоваться. На этом ресурсе удобно сравнивать близость генетических образцов современных и древних людей.  В общем-то, это больше технический пост, ссылку на который я дам людям не из жэжэчки. Но мне удобней написать

Comments

[tepoztecatl]

Здравствуйте! Подскажите пожалуйста: можно ли как-то пропустить через vahaduo свои собственные результаты (для сравнения с современными и древними популяциями?)

[ext_5836369]

Если коротко, то вы должны скопировать (и преобразовать) результаты своего анализа oracle в gedmatch в панель Target в https://vahaduo.github.io/vahaduo/ . В панель Source скопировать координаты популяций, с которыми вы хотите сравниться - их можно взять в https://vahaduo.github.io/g25download/, как обьяснил автор журнала.
Полная инструкция на английском здесь: https://www.reddit.com/r/vahaduo_gedmatch/comments/uvx5pt/how_to_use_vahaduo_website/.
Я собираюсь заняться самоанализом (претестирован на 23andme. Gedmatch, вроде бы, освоил). Pопытаюсь написать инструкцию на русском - если будет сопутствовать успех.

[livejournal]

Здравствуйте! Ваша запись попала в топ-25 популярных записей LiveJournal центрального региона. Подробнее о рейтинге читайте в Справке.

[ext_5836369]

Преогромнейшее спасибо за эту инструкцию ! Спешу приобшиться - моё генетическое расстояние до "современных воронежских" практически одинаково с до "литовцев" ... и небольшое ! В прочем - не удивительно.
Особенно порадовали всплывшие Кубанские Казаки - мой литовский пра-прадед служил при Царе на Кавказской Линии - и привез оттуда жену-циганку. Ну как есчио на глухом хуторе под Молетай могли прозвать казачку в дореволюционные времена ?! :-) Ну, а про Ерзю мы и так знали (борода плохо растёт) - но подтвердить лишний раз приятно. Есчё раз, спасибо !

[ext_6368265]

Приветствую!
Хотите попробовать определять дрейф нуклеотид ДНК при помощи энтропии?
С меня математика с вас ДНК последовательности.

[blasterow]

Отличная инструкция! Все бы хорошо, только вот не знаю как интерпетировать большинство древних данных. Ну например, Armenia_LBA_EIA или же Albania_BA_IA. Понятно только первое слово, а аббривиатура остается за кадром.

Где можно найти расшифровку?

[andvari5]

Обычно эпохи или культуры. В данном случае эпохи.
Армения позднего бронзового века (Late Bronze Age) - раннего железного века (Early Iron Age)

[blasterow]

Спасибо . А вот если скажем номера, как в базе данных древних индивидуумов? Например , CZE_EE:I14167, или England_IA:I16380.

[andvari5]

Номера отдельных образцов.