Предположительно в 13 веке у Замковой горы стоял храм - кафедральный собор.
Затем после смерти Миндаугаса он был превращен в языческое капище. Позже его разрушили и после введения христианства на его месте новое готическое здание строил князь Литовский Йогайла.
В начале 15 века, после своего первого пожара он был полностью восстановлен князем Витаутасом .Собор носил звание Йогайлы.
Храм за долгие годы своего существования перенес 5 пожаров, два из них в процессе перестройки и ремонта.
Перестраивался трижды и менял, естественно, стили.
В 16 веке из готического - в ренессанс его перестроил архитектор Джовани Цини из Сиены, в 17 веке из ренессанса - в барокко архитектором Джовани Сальватори, в 18 веке из барокко - в классический по проекту Лауринаса Гуцявичюса.
Храм перенес войны и разрушения.
Реликвии Св. Казимира были вывезены, а останки жён великих князей Литовских Александра и Зигмонта Августа Эльжбиеты и Барборы были замурованы в подземельях собора.
После ВОВ долгое время храм был закрыт.
В 1956 г. потсдамская фирма отреставрировала уничтоженный орган.
До 1988 года в храме находился художественный музей, который сохранил неповрежденную церковную утварь.
В том же году из костела Свв. Петра и Павла были возвращены мощи Св. Казимира.
Осенью 1996 г. три скульптуры - Св. Елены по центру с большим позолоченным крестом, слева - Св. Станислава и справа - Св. Казимира, ликвидированные в 1950 году, были вновь воздвигнуты над фронтоном собора.