Появление храма Входа Господня во Иерусалим в Астрахани было связано с особыми событиями, имевшими для города и Астраханской церкви большое значение. 17 марта 1667 года Астраханский архиепископ Иосиф в Москве был посвящён в сан митрополита. Астраханская кафедра была поставлена на четвёртую степень достоинства в числе всех остальных русских епархий. Это было очень высокое положение: астраханский митрополит в числе прочих привилегий получил и право совершать на Вербное воскресенье так называемое «шествие на осляти». В Астрахани для совершения такого действа не имелось храма. Прибывший летом 1667 года в Астрахань из Москвы митрополит Иосиф велел спешно построить вблизи кремля, на восточной стороне, деревянный храм. К весне 1668 года церковь в честь Входа Господня в Иерусалим была уже выстроена и освящена. В этом году в Астрахани было совершено первое торжественное «шествие на осляти».
К сожалению, в 1678 году этот торжественный обряд был упразднён в Русской Церкви, в том числе и в Астрахани. Входо-Иерусалимская церковь, потеряв своё первоначальное предназначение, превратилась в обычный приходской храм, расположенный в самой шумной торговой и деловой части Белого города.
В 1700 году астраханские купцы Иван Васильевич и Никита Иванович Калашниковы решили на свои средства выстроить новый каменный храм. В 1703 году строительство церкви было уже закончено, и 23 сентября митрополит Сампсон освятил главный престол храма. С южной стороны был устроен придельный храм в честь Григория Богослова, освящённый 25 января этого года. В конце XVIII века была снесена обветшавшая старая колокольня, а в 1800 году, благодаря стараниям надворного советника Ивана Андреевича Варвация была построена новая, в духе классицизма, увенчанная шпилем, что для того времени было несколько необычно.
Во время январских боёв 1918 года Входо-Иерусалимский храм чуть не погиб в огне пожара, бушевавшего в центре города. Все постройки, окружавшие храм, сгорели дотла. Погорело всё, что было в церковном дворе. Начала гореть и сама церковь. Но сгорели только некоторые наружные рамы, и пожар сам собою прекратился. Внутренние рамы оказались совершенно нетронутыми. В связи с началом разборки в 1919 году квартала сгоревших зданий, где находилась и Входо-Иерусалимская церковь, стал подниматься вопрос о её сносе. Храм даже отобрали у общины верующих, оправдывая свои действия её малочисленностью. Дело шло к самому худшему завершению. Но в защиту Входо-Иерусалимского храма выступил профессор А.А. Дмитриевский, который через секцию по делам музеев и охране памятников искусства и старины направил в отдел городского и сельского строительства своё заключение, где говорилось, что «Входо-Иерусалимская церковь... принадлежит к числу древнейших религиозно-монументальных памятников г. Астрахани... он хранит в себе и доселе дивные образцы русского живописного искусства... и исчезновение этого храма с лица Астраханской земли, несомненно, потеря одной из лучших страниц культурной истории нашего края». Для подкрепления своих утверждений профессор А.А. Дмитриевский предложил обратить Входо-Иерусалимскую церковь в древнее хранилище или музей для хранения памятников старины и искусства. С этим предложением профессор обратился в Комиссию по проведению в жизнь декрета об отделении Церкви от государства, и та на своём заседании от 27 августа 1919 года поддержала это предложение.
Таким образом, Входо-Иерусалимский храм был сохранён, выдвигались даже предложения о его реставрации, но они, как и предложение об организации в его стенах музея, остались только на бумаге. Входо-Иерусалимскую церковь просто заколотили, и она простояла в таком состоянии до 1928 года. В 1928 году храм снесли в числе первых из подлежащих к сносу астраханских храмов. В 1933 году на месте Входо-Иерусалимского храма и прилегавших к нему зданий вырос квартал из сталинских трёхэтажек, сохранившихся и поныне.
В 2022 году на месте Входо-Иерусалимской церкви Астраханское отделение Императорского Православного Палестинского Общества на фасаде дома установило мемориальную доску.
Церковь входа Господня в Иерусалим, фото из фондов Государственного архива Астраханской области