20 октября 1992 года на заседании Священного синода архимандрид Иона (Карпухин) определён быть епископом Астраханским и Енотаевским. 24 октября 1992 года за всенощным бдением в Покровском кафедральном соборе города Астрахани совершён чин наречения архимандрита Ионы во епископа. 25 октября 1992 года в Успенском патриаршем соборе Кремля совершена хиротония во епископа Астраханского и Енотаевского. Чин наречения и хиротонии совершали патриарх Московский и всея Руси Алексий II, архиепископ Солнечногорский Сергий (Фомин), архиепископ Чебоксарский и Чувашский Варнава (Кедров), архиепископ Краснодарский и Кубанский Исидор (Кириченко), архиепископ Волгоградский и Камышинский Герман (Тимофеев), архиепископ Истринский Арсений (Епифанов), епископ Дмитровский Филарет (Карагодин), епископ Ульяновский и Мелекесский Прокл (Хазов), епископ Уральский и Гурьевский Антоний (Москаленко), епископ Тверской и Кашинский Виктор (Олейник). 25 февраля 2002 года возведён в сан архиепископа.
12 марта 2013 года решением Священного синода в связи с образованием новой Ахтубинской епархии архиепископу Ионе усвоен титул «Астраханский и Камызякский»; тем же решением он назначен главой вновь созданной Астраханской митрополии, в связи с чем 24 марта в храме Христа Спасителя возведён в сан митрополита.
15 июля 2016 года почислен на покой по состоянию здоровья в связи с достижением 75-летнего возраста. Местом жительства на покое определён город Москва