Новая версия
Mendeley рулит.
1) Улучшили результаты поиска по названию в Google Scholar (хотя всё ещё не идеально).
2) Добавлять файлы любого формата теперь можно так же просто, как pdf. Правда, метаинформацию не извлекает, но см. пункт 1.
Недостатки ещё есть, но достоинств становится всё больше. А если ещё сделают открытые источники или хотя бы дадут возможность писать плагины (вроде бы планировали), то будет вообще замечательно.