Лонерган пишет (17 том собрания сочинений, стр. 84-85) о том, что хотя схоластика была великим достижением богословской мысли, и у неё с течением времени проявились недостатки.
В своё великом богословском синтезе в качестве инструмента согласования разных текстов она использовала логику и метафизику, но не догадывалась о том, насколько многое во многообразии богословского наследия зависит не от логических или метафизических проблем, но исторических проблем. Соответственно, историческая обусловленность многих смыслов и явлений была упущена.
Кроме того, схоластика приняла из аристотелевской Второй Аналитики понятие о науке как о том, что даёт знание, верное с необходимостью. Такое представление уже никак не релевантно для современной науки, и даже аксиомы математики не являются знанием, необходимо истинным, но лишь принятыми допущениями. Поэтому спекулятивный интеллект и логика были поставлены схоластикой в центре её инструментария. Первоначалами интеллекта схоластика посчитала некоторые высказывания, не нуждающиеся в доказательстве, а не то, что по Лонергану де-факто является инвариантами интеллекта: опыт, понимание и суждение, управляемые нравственной ответственностью. Анализ интенциональности оказался не востребован, уступив своё место представлению о познании по аналогии со зрением.