Взлом ДНК при помощи РНК
Власти постоянно говорят, что РНК не может повлиять на ДНК человека. Независимо от того, окажется ли это опасным или нет, кажется случайным, но кажется, что обратная транскрипция РНК в ДНК вполне возможна. Доказательства того, что РНК SARS-COV-2 может быть добавлена к ДНК человека с помощью обратной транскриптазы, со статьи 2020 г., которая осталась незаметной из-за молчания СМИ.
В выводах сказано:
"В этом исследовании мы продемонстрировали доказательства того, что РНК SARS-CoV-2 могут подвергаться обратной транскрипции и интегрироваться в геном человека несколькими источниками обратной транскриптазы, такими как активированный человеческий LINE-1 или коинфицированный ретровирус (ВИЧ). Мы обнаружили, что экспрессия LINE-1 может быть индуцирована при инфицировании SARS-CoV-2 или воздействии цитокинов, что предполагает молекулярный механизм, ответственный за ретроинтеграцию SARS-CoV-2 у пациентов. Более того, наши результаты предполагают, что интегрированные последовательности SARS-CoV-2 могут быть транскрибированы, как показано данными RNA-Seq и smRNA-FISH, обеспечивая возможное объяснение присутствия вирусных последовательностей в более поздние сроки после первоначального воздействия вируса и в отсутствие обнаруживаемого инфекционного вируса 1-14. Ретро-вставленные последовательности SRAS-CoV-2, скорее всего, являются субгеномными фрагментами, поскольку интеграционные соединения в основном обогащены N-последовательностью (рис. 1d-e), за исключением продукции инфекционного вируса. Наши данные могут также объяснить, что пациенты после выздоровления от симптомов болезни могут снова стать положительными по вирусным последовательностям, обнаруженным с помощью ПЦР1,8-14.
Важным последующим вопросом является вопрос, могут ли эти интегрированные последовательности SARS-CoV-2 экспрессировать вирусные антигены. Если это так, то клинический интерес представляет оценка того, могут ли вирусные антигены, экспрессируемые из интегрированных вирусных фрагментов, вызвать иммунный ответ у пациентов, который может повлиять на течение и лечение заболевания. Возможно, что клинические последствия интегрированных вирусных фрагментов могут зависеть от их сайтов встраивания в геном человека и от эпигенетической регуляции, которая была показана у пациентов с ВИЧ38. Тщательный анализ участков ретроинтеграции SARS-CoV-2 в образцах пациентов и корреляция с серьезностью заболевания поможет выяснить возможные клинические последствия. Кроме того, иммунный ответ может варьироваться в зависимости от основных состояний человека. В более общем плане наши результаты предполагают новый аспект инфекции, возможно, также и для других распространенных болезнетворных РНК-вирусов, таких как вирус денге, Зика или гриппа, которые могут подвергаться ретроинтеграции и, возможно, влиять на прогрессирование заболевания.
Human LINE-1 составляет ~ 17% генома человека, ~ 100 из 500 000 копий которого являются активными21,23. Кодируемая LINE-1 обратная транскриптаза (ORF2p) и поддерживающий белок (ORF1p), как известно, ретранспонируют не только транскрипты LINE-1 (в цис), но также и другие виды РНК, такие как Alu (SINE) и клеточная мРНК (в цис). Trans, создающие процессированные псевдогены), с механизмом «обратная транскрипция с праймированным сайтом-мишенью» 21. Было показано, что белки LINE-1 являются шаперонами нуклеиновых кислот с высокой аффинностью связывания РНК39, поэтому, возможно, неудивительно, что они могут ретроинтегрировать экзогенные вирусные РНК. С эволюционной точки зрения ретроинтеграция вирусной РНК посредством LINE-1 может быть адаптивным ответом хозяина, обеспечивающим поддержание экспрессии антигена, возможно, усиливая защитный иммунитет. И наоборот, ретроинтеграция вирусных РНК может быть пагубной и вызывать более тяжелый иммунный ответ у пациентов, такой как «цитокиновый шторм» или аутоиммунные реакции.
Наши результаты также могут иметь отношение к текущим клиническим испытаниям противовирусной терапии40. Использование ПЦР-тестов для оценки влияния лечения на репликацию вируса и вирусную нагрузку может не отражать эффективность лечения для подавления репликации вируса, поскольку анализ ПЦР может обнаруживать вирусные транскрипты из вирусных последовательностей, стабильно интегрированных в геном, а не инфекционный вирус."
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.12.422516v1.full
В выводах сказано:
"В этом исследовании мы продемонстрировали доказательства того, что РНК SARS-CoV-2 могут подвергаться обратной транскрипции и интегрироваться в геном человека несколькими источниками обратной транскриптазы, такими как активированный человеческий LINE-1 или коинфицированный ретровирус (ВИЧ). Мы обнаружили, что экспрессия LINE-1 может быть индуцирована при инфицировании SARS-CoV-2 или воздействии цитокинов, что предполагает молекулярный механизм, ответственный за ретроинтеграцию SARS-CoV-2 у пациентов. Более того, наши результаты предполагают, что интегрированные последовательности SARS-CoV-2 могут быть транскрибированы, как показано данными RNA-Seq и smRNA-FISH, обеспечивая возможное объяснение присутствия вирусных последовательностей в более поздние сроки после первоначального воздействия вируса и в отсутствие обнаруживаемого инфекционного вируса 1-14. Ретро-вставленные последовательности SRAS-CoV-2, скорее всего, являются субгеномными фрагментами, поскольку интеграционные соединения в основном обогащены N-последовательностью (рис. 1d-e), за исключением продукции инфекционного вируса. Наши данные могут также объяснить, что пациенты после выздоровления от симптомов болезни могут снова стать положительными по вирусным последовательностям, обнаруженным с помощью ПЦР1,8-14.
Важным последующим вопросом является вопрос, могут ли эти интегрированные последовательности SARS-CoV-2 экспрессировать вирусные антигены. Если это так, то клинический интерес представляет оценка того, могут ли вирусные антигены, экспрессируемые из интегрированных вирусных фрагментов, вызвать иммунный ответ у пациентов, который может повлиять на течение и лечение заболевания. Возможно, что клинические последствия интегрированных вирусных фрагментов могут зависеть от их сайтов встраивания в геном человека и от эпигенетической регуляции, которая была показана у пациентов с ВИЧ38. Тщательный анализ участков ретроинтеграции SARS-CoV-2 в образцах пациентов и корреляция с серьезностью заболевания поможет выяснить возможные клинические последствия. Кроме того, иммунный ответ может варьироваться в зависимости от основных состояний человека. В более общем плане наши результаты предполагают новый аспект инфекции, возможно, также и для других распространенных болезнетворных РНК-вирусов, таких как вирус денге, Зика или гриппа, которые могут подвергаться ретроинтеграции и, возможно, влиять на прогрессирование заболевания.
Human LINE-1 составляет ~ 17% генома человека, ~ 100 из 500 000 копий которого являются активными21,23. Кодируемая LINE-1 обратная транскриптаза (ORF2p) и поддерживающий белок (ORF1p), как известно, ретранспонируют не только транскрипты LINE-1 (в цис), но также и другие виды РНК, такие как Alu (SINE) и клеточная мРНК (в цис). Trans, создающие процессированные псевдогены), с механизмом «обратная транскрипция с праймированным сайтом-мишенью» 21. Было показано, что белки LINE-1 являются шаперонами нуклеиновых кислот с высокой аффинностью связывания РНК39, поэтому, возможно, неудивительно, что они могут ретроинтегрировать экзогенные вирусные РНК. С эволюционной точки зрения ретроинтеграция вирусной РНК посредством LINE-1 может быть адаптивным ответом хозяина, обеспечивающим поддержание экспрессии антигена, возможно, усиливая защитный иммунитет. И наоборот, ретроинтеграция вирусных РНК может быть пагубной и вызывать более тяжелый иммунный ответ у пациентов, такой как «цитокиновый шторм» или аутоиммунные реакции.
Наши результаты также могут иметь отношение к текущим клиническим испытаниям противовирусной терапии40. Использование ПЦР-тестов для оценки влияния лечения на репликацию вируса и вирусную нагрузку может не отражать эффективность лечения для подавления репликации вируса, поскольку анализ ПЦР может обнаруживать вирусные транскрипты из вирусных последовательностей, стабильно интегрированных в геном, а не инфекционный вирус."
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.12.422516v1.full