My comment to an entry 'Чего боится цензура государственно-медийного альянса США' by bbb

[a_shen]

То есть конкретно - локдаунов вводить не следовало, транспорт не отменять, требований везде надевать маски тоже, но советовать всем и требовать от пожилых - чего?

Конечно, я имел в виду не 100% уверенность, а что-то типа 80%. И каждому добросовестному биологу была тогда такая оценка очевидной?

View the entire thread this comment is a part

Comments

[anhinga_anhinga]

Ну правильно. Это не тот же вирус, люди "воспроизводили по опубликованной распечатке", пытаясь получить нечто похожее. Если анализ в препринте Кудрявцева, Вахрушевой и Шнайдера, на который я сослался, сделан правильно (я хотел бы, чтобы кто-то независимо возспроизвёл их процедуру и выяснил, действительно ли получается их результат), то вряд ли, то, что они получили, это "случайное совпадение".

Препринт Кудрявцева, Вахрушевой и Шнайдера утверждает, что если отфильтровать все вирусы, поданные в главную базу данных после начала пандемии (независимо от того, отмаркированы ли они более ранней датой наблюдения, или нет), и оставить только то, что было опубликовано до начала пандемии, то на этом синтетическом вирусе 2008-го года, во-первых, совершенно недвусмысленный максимум похожести, и, во-вторых, яркое совпадение в критическом регионе, не характерное для других вирусов с высокой общей похожестью. Это должно быть не очень сложно проверить (хотя это больше нельзя сделать в интерактивном режиме, так как они с тех пор отключили фильтр по дате подаче; но можно загрузить базу данных и посчитать на своём компьютере).

[pharmazevt]

Агрументация этого препринта основана на утверждении, что природных вирусов, достаточно близких по нуклеотидной последовательности к вирусу ковида, не найдено. Сообщения о вирусе летучих мышей RaTG13, имеющем 96,1% сходство, авторы отвергают как фейк. Не вдаваясь в детали вопроса, фейк ли это, замечу, что в 2022 г. опубликована статья о том, что у летучих мышей северного Лаоса найден другой вирус, названный BANAL-20-52, который по нуклеотидной последовательности сходен с вирусом ковида на 96.8%, и эта находка не оспоривалась. Поэтому аргументация препринта не работает.

Линк на публикацию могу привести отдельно, но просто поиск по "BANAL-20-52" выведет на эту статью Temmam et al., Nature 604, 330-336, 2022.

[anhinga_anhinga]

После начала пандемии много что можно найти (известно, что эта штука отлично садится на зверюшек, и мутирует тоже вовсю).

Из вирусов, обнародованных до начала пандемии, самый похожий на ковид (и с хорошим отрывом), это этот искусственный вирус 2008-го года.

[pharmazevt]

Садится на летучих мышей в пешерах северного Лаоса и за год меняет 900 нуклеотидов и теряет фуриновый сайт?
Ну-ну.

[anhinga_anhinga]

Почему бы и нет, но, вообще говоря, надо бы теперь, чтобы кто-нибудь нейтральный посмотрел бы на все три вируса, о которых идёт речь, в их критическом регионе.

А то не-нейтральные люди пишут весьма, на мой взгляд, сомнительное: https://www.pnas.org/doi/pdf/10.1073/pnas.2211107119

Но, при этом, не смотрят на то, как выглядит тот же регион в Bat-SCoV, а хотелось бы, чтобы кто-нибудь, не решивший заранее, какой должен быть ответ, на это бы теперь взглянул, в контексте этого же анализа...

[a_shen]

Ну, вероятно, тогда единственный вариант, чтобы ты нашёл кого-то, кому ты доверяешь - иначе откуда возьмётся убеждение в нейтральности?

[anhinga_anhinga]

Да было бы у меня больше сил, в смысле программистско-технической деятельности, я бы и сам справился (не то, чтобы сравнение биологических последовательностей является тайной за семью печатями, https://en.wikipedia.org/wiki/BLAST_(biotechnology) etc., и не то, чтобы люди вокруг меня не трогали руками такие задачи)...

Но сейчас столько всего другого происходит, на чём лучше бы фокусироваться, не особо отвлекаясь. Сейчас производительность труда программиста (и экспериментатора с биологическими базами данных) быстро растёт, благодаря улучшающейся помощи со стороны large language models. Наверное, если через год или два вопрос ещё будет представлять интерес (если мир не изменится настолько радикально, что такие "мелочи", как происхождение ковида перестанут нас интересовать), это можно будет сделать совсем быстро, не тратя дни и недели на понимание документации, а просто попросив large language model помочь загрузить базу данных, достать из неё такие-то последовательности, и показать, что будет, если к ним применить такой-то алгоритм. Может быть, GPT-4 может справится и сейчас, но хотелось бы большей уверенности в корректности её действий, с учётом деликатности ситуации. А через год или два всё это будет работать гораздо надёжнее, оно быстро улучшается...

[pharmazevt]

А какой регион критический? Чтобы выяснить родство, надо на все регионы смотреть.

[anhinga_anhinga]

Я так подозреваю, что китайцы воспроизводили ту статью 2008-го года "по распечатке", не стремясь сделать весь геном похожим, а только, чтобы работало, как в той статье. Так что, там нет "непосредственного происхождения вируса оттуда", взяли что-то достаточно похожее, как базу, и сделали с этой базой описанную в той статье методику.

Но да, надо всякое смотреть (заодно получить некоторое самообразование - где там этот spike, и что, в точности, нарисовано в этой маленькой статье в PNAS, на которую я выше ссылаюсь, и всякое такое). Я, как бы, хоть и говорю выше, что алгоритмы сравнения последовательностей не являются для меня совсем уж новым материалом, но про детали этих вирусов я ничего не знаю, так что если самому проверять, то придётся всякое выучить.

Ну, кроме того, это если я сам захочу разобраться, для себя, но я для других людей не являюсь нейтральным наблюдателем (я слишком много разговаривал с одним из авторов препринта, чтобы считаться вполне нейтральным). Лучше бы, конечно, нейтральный и не особо боязливый профессионал посмотрел бы (если таковые ещё остались в наше тяжёлое время)...